其二，如何處理謝係、扁係、新係共處問題。蔡英文的競選團隊廣納謝係、扁係、新係等各路人馬，但其中新係與謝係對立嚴重，扁係與謝係也矛盾重重，各派系能夠和平共處也令人擔憂。尤其是在民意代表提名“僧多粥少”、“各派系搶破頭”的狀況下，蔡英文如何在派系間做到平衡，成為其重大挑戰。而目前爆發的臺南民代初選王定宇、李俊毅之爭，蔡因無法擺平謝係與扁係間的爭鬥，最終被扁係大將陳唐山批為“沒能力管派系”，其黨內威信由此受到質疑。這場提名風波只不過是蔡英文派系處理難題的一個縮影，未來隨著不分區民意代表提名的日益緊迫，蔡英文將在派系平衡上面臨更大挑戰。
因此，對於這幾組黨內矛盾，蔡英文如處理失當，必使其中一方或數方不願全力輔選，甚至出現“出工不出力”情形，最終損失部分“樁腳”，導致基本盤不穩的問題。
二、“能否提出令多數民眾滿意的兩岸政策”是蔡英文的最大挑戰
兩岸政策一直是民進黨及蔡英文最致命的“短板”，為防止嚇跑中間選民，自初選以來，蔡英文對其兩岸政策採取的是模糊、逃避策略，相關言論全是“大話空話”，沒有實質內容。據蔡的幕僚透露，“蔡英文在兩岸政策上更具體的規劃則要在與馬英九交手辯論時，才會掀出王牌。”也就是直到9月份才會公佈其《十年政綱 兩岸篇》，但究竟這會是怎樣的一張“王牌”，目前不得而知。不過可以肯定的是，蔡英文不會突然改弦更張，徹底推翻民進黨之前的兩岸政策，很有可能會提出一套更具欺騙性的兩岸論述，或者是玩一些類似于“和而不同、和而求同”的語言遊戲。
當然，蔡英文有兩點是無法逃避表態的。一是“是否承認‘九二共識’”，二是“如何處置ECFA及兩岸已簽署的15項協議”。從蔡目前所提兩岸論述來看，“九二共識”她是不會承認的；而在“對待ECFA的態度”問題，蔡一會兒是“延續前朝政策”，一會兒又提出“公投是選項”、“送審WTO”、“送立院重審”，立場“忽左忽右，莫衷一是”。總之，在兩岸政策上，蔡英文可能如部分民進黨人幻想的那樣，希望以所謂的“澳門模式”替代“九二共識”作為兩岸協商基礎，乃至賭博“大陸不會因民進黨不承認‘九二共識’而推翻既有協議”，或許像島內學者揣測的那樣提出一套中規中矩的兩岸策略，使“臺灣人民不一定滿意，卻可以接受”、“大陸不滿意，不接受，不認同，但不排斥”、“美國不滿意，不歡迎，不支援，但不否定”，以避免在兩岸政策上失分。
因此，蔡英文兩岸政策上的挑戰是：如何在不承認“九二共識”的基礎上，提出一套新兩岸政策論述，以向廣大中間選民、經濟選民證明她有能力保證兩岸目前和平發展格局不會中斷。
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