當選後,羽翼未豐的他表面上十分“尊李”,在人事安排、政策路線等方面給足了李登輝面子:陳水扁選拔的“外交部長”田弘茂、“陸委會主委”蔡英文和“國防部長”湯曜明等,都是李登輝的愛將;而在大政方針上,陳水扁也堅持李登輝的“戒急用忍”大陸政策。李登輝以“臺獨教父”自詡,而陳水扁也以“臺灣之子”自居,兩人在政治理念上形成“父子”關係。
李登輝、曾文惠夫婦的獨子李憲文壯年早逝,一直是夫婦倆多年來的隱痛。2001年扁登門拜會李。當扁得知自己與李憲文同年,便主動向曾文惠説:“你們可以把我當作自己的兒子。”李登輝夫婦聽後相當感動。李登輝特別號召國民黨本土勢力,另組臺聯黨為扁“鞏固政權”。2004年臺灣地區領導人選舉時,在民進黨組織的“牽手護臺灣”的造勢活動中,已81歲高齡的李登輝賣力為扁輔選,大大拉抬扁連任選情。
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