2008年臺灣島內天災不斷，南部大雨、颱風侵襲，地震頻發，損失慘重，僅颱風“海鷗”給臺灣農業造成的損失總金額已高達10.1億元新台幣，蔬菜、豬肉、水産等價格飆漲。
大雨給臺灣地區農業造成近八千萬元新台幣損失
臺灣肉商趁端午節調漲肉價 豬肉價格創10年新高
臺當局行政部門解除前任當局實行了5個月的凍結油價命令，島內的油價、電價也隨之上漲。
臺行政當局主管宣佈油價6月2日調漲 漲幅保密
臺電價將分兩次調漲22% “臺電”今年仍虧上千億
受全球金融風暴衝擊，臺灣股市信心潰散，一路下挫，接連破底，9月4日指數接連跌破10年及20年島內最低記錄。臺島失業率上升，“經濟信心指數”、以及對未來的“經濟樂觀指數”同步創下新低。
臺物價上漲民眾信心降低 經濟信心指數創今年新低
臺灣地區5月景氣概況較4月跌6分 創11年來最大跌幅
臺調查顯示 臺民眾創業意願較07年下降10%
馬英九當局行政部門積極面對經濟不景氣，選前，馬英九在其經濟政策白皮書中就制定了“六三三計劃”，包括經濟增長率回到6%，4年內失業率降至3%，2016年“國民”所得達到3萬美元等。
馬英九提出經濟政策白皮書 喊出“六三三”口號
在“六三三計劃”的基礎上，馬英九更具體地提出了“愛臺十二項建設”，十二項建設將鎖定臺灣北、中、南三個重點區域，包括北邊的桃園航空城，中部的臺中清泉崗機場與高鐵烏日站，以及高雄的自由港。馬英九還提及將會調整産業結構，發展新的産業，其中將會發展服務業，以創造更多的工作機會。
馬英九當局上臺後，推出短期紓困措施，促進企業發展企業、救股市，也力圖重建經濟體系。
因應工廠關閉與失業潮 臺當局推企業培訓取代裁員
臺經濟部門出臺措施 防止因漲價囤積汽油
提振經濟 馬英九表示今年將執行1.08兆投資計劃
臺股連跌 臺當局四大基金護盤200億被“套牢”
一方面臺行政當局追加了財政預算，通過十大振興經濟方案，計劃投入1809億元新台幣，並出臺各種措施調整物價，因應工廠關閉和失業潮，推動節能運動，馬英九等領導人帶頭消費刺激經濟，向島內民眾發放消費券等。
搶救經濟臺當局總動員 劉兆玄今見馬英九蕭萬長
臺當局行政主管部門今將通過十大振興經濟方案
臺當局通過振興經濟10項措施 計劃投入1809億元
馬英九宣佈蕭萬長領軍財經小組 蕭盼扮好諮詢角色
臺當局敲定3600元消費券面額：500元6張200元3張
臺當局修正2008年度預算 追加新台幣259億元
臺灣推動節能運動 馬英九非正式場合將不穿西裝
除此之外，馬英九的另一項引人關注的措施就是為臺商投資大陸鬆綁。4月22日馬英九與八名臺灣高科技公司的負責人會談後宣佈，在他5月20日開始執政之後，將解除臺灣企業赴大陸投資最多不能超過凈資産40%的規定。他説：“未來要做的，包括對外投資凈值40%上限的鬆綁，包括兩岸直航，還包括能夠引進高科技人才，以及其他有關投資和稅務方面的改革。”“營利事業所得稅，還有遺贈稅，這些稅率的調整相關問題，會在我們5月20日就任後，‘財政部’儘快地成立賦稅改革委員會，來進行通盤地檢討。”
馬英九當局陸續實施兩岸投資鬆綁政策，促進兩岸經濟合作，以重振臺灣經濟活力。
臺當局正式通過並實施擴大“小三通”
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臺經濟部門將陸續實施3項兩岸投資鬆綁政策
臺當局擬鬆綁高科技産業投資大陸限制 8月底定案
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