2006年
11月3日 臺灣“高檢署”宣佈機要費案偵結。陳水扁妻子吳淑珍等確定被提起公訴。檢察官認定陳水扁涉嫌貪污和偽造文書罪嫌，需等陳水扁遭罷免或卸職後再偵辦。
2008年
5月20日 陳水扁卸任，特偵組立即分案偵辦機要費案，並將陳水扁列為被告。陳水扁成為臺灣司法史上第一位卸任領導人被檢方列為偵字案被告的案例。
8月15日 陳水扁以對民進黨造成嚴重傷害為由，主動宣佈自己與妻子吳淑珍兩人退出民進黨。
8月16日 特偵組搜索陳水扁臺北市住處、辦公室等地，並訪談吳淑珍。檢察官當天將陳水扁、吳淑珍、吳淑珍胞兄吳景茂、陳致中、黃睿靚列為被告。
9月11日 臺北檢方偵辦南港展覽館新建工程弊案，查出得標的力拓公司涉嫌行賄公務員。
10月21日 針對南港展覽館弊案，特偵組將吳淑珍、余政憲、郭銓慶三人列為行、收賄罪的被告。
10月28日 臺檢方偵辦陳水扁家族海外洗錢案，查出竹科龍潭科學園區土地買賣涉及利益輸送。
11月11日 特偵組第五度傳喚陳水扁到案，歷經近六小時訊問後，檢察官以陳水扁涉犯重罪，向法院聲請羈押陳水扁。
11月12日 臺北法院裁定陳水扁羈押禁見。陳水扁被收押進臺北看守所。
11月16日 陳水扁持續禁食五天，被看守所戒護至醫院強制送醫。
12月12日 針對陳水扁及其家庭所涉機要費案、洗錢案、南港展覽館工程案以及龍潭購地案，臺檢方偵辦終結，對陳水扁、吳淑珍等14名被告提起公訴。起訴書未對陳水扁家人具體求刑，但請求法院對陳水扁“依最嚴厲之刑量刑”；並認為吳淑珍惡行重大，要求“從重量刑”。
12月30日 臺北地方法院經過長達12個多小時的庭訊、評議後，合議庭審判長裁定將陳水扁羈押，但不禁見。
2009年
1月19日 陳水扁家族四大弊案召開準備程式庭。
2月10日 連續17次請假的吳淑珍出庭應訊，承認“機要費”的案子有使用他人的發票進行報帳核銷，對偽造文書部分認罪，但不承認貪污部分。
5月5日 特偵組偵辦陳水扁涉貪瀆等案第二波案情偵查終結。檢方依公務員對職務上的行為收受賄賂及圖利等罪，將陳水扁及妻子吳淑珍追加起訴。
5月11日 臺北地方法院針對陳水扁延押與否展開評議，宣佈將陳水扁繼續羈押兩個月。
6月3日 特偵組偵辦陳水扁涉貪瀆等案，發現陳水扁女兒陳幸妤、女婿趙建銘、兒子陳致中在屢次偵訊過程中供詞不一，涉嫌偽證罪。特偵組已分案偵辦，並將3人列為被告。
6月4日 針對特偵組5月5日追加起訴陳水扁和吳淑珍收賄、圖利以及違反“政治獻金法”三項罪嫌，臺北地方法院傳喚吳淑珍召開準備程式庭，吳淑珍當庭部分認罪。
6月22日 陳水扁女兒陳幸妤、女婿趙建銘、兒子陳致中均坦承曾作偽證。
陳水扁涉嫌在任內11次出訪期間，侵佔機密“外交”款項共計30余萬美元，已被列為貪污被告。案件已被移送特偵組偵辦。
6月30日 臺北地檢署偵辦陳水扁女兒陳幸妤偽證案，簽分吳淑珍為教唆偽證罪被告。
7月13日 臺北地方法院宣佈，陳水扁被控貪污、洗錢等案，羈押要件未消失，合議庭裁定將其繼續延押兩個月。
7月17日 臺北地檢署依偽證罪起訴陳水扁夫人吳淑珍、兒子陳致中、女兒陳幸妤、女婿趙建銘，並依教唆偽證罪起訴吳淑珍。由於吳淑珍等4人在偵查中自白，檢方請求法院減輕其刑。
7月27日 臺北地方法院審理陳水扁家族弊案，從當日起到7月30日展開密集開庭，並進行言詞辯論程式。
8月4日 臺北地方法院傳喚陳水扁兒子陳致中等6人確認認罪協商。檢方指出，由於6名被告犯罪情節重大，且有後案待查，6人認罪協商都將遭拒絕。
9月1日 臺檢方偵辦機要費案衍生偽證案，起訴陳水扁家族4人以及前101大樓董事長陳敏熏，臺北地方法院作出一審宣判：扁妻吳淑珍判刑2年，減刑為1年；扁子陳致中、女兒陳幸妤、女婿趙建銘判刑1年，減刑為6個月。
此外，法院另案告發陳致中、陳幸妤涉及貪污罪。此後，法官另告發陳水扁涉嫌教唆偽證罪，由檢察官偵辦。
9月11日 臺北法院對陳水扁家族所涉機要費、洗錢、龍潭購地、南港展館等弊案，進行一審宣判。
陳水扁被判處無期徒刑，罰金2億，褫奪公權終身。扁家人全部獲刑。其中，同案被告吳淑珍被判無期徒刑，數罪並科罰金逾3億；陳致中被判2年6個月，罰金1.5億；黃睿靚被判1年8個月，資産沒收。
9月24日 陳水扁家相關案件臺北地院匯整卷證後移審高院，提訊陳水扁移審。高院隨後進行法官抽籤，二審法官為審判長鄧振球、潘翠雪、彭幸鳴。
9月24日 經過4個小時的檢辯攻防，臺灣高等法院合議庭作出決議，由於扁家還有鉅款隱匿在海外，羈押理由仍存在，因此裁定繼續延押陳水扁3個月，還押臺北看守所。
9月28日 陳水扁辦公室主任劉導探視陳水扁後指出，陳水扁已針對臺灣高等法院續押提出抗告，其中抗告理由之一，是特偵組主動要求瑞士凍結陳水扁海外資金，並未告知院方，“涉嫌”隱匿證據。
10月9日 臺灣高等法院重開陳水扁羈押庭，經過數個小時的檢辯攻防後，法庭裁定：繼續羈押陳水扁。
10月23日 臺灣“高等法院”在臺北審理扁家四大案與部分追加起訴。這是扁案進入二審後的首度正式開庭。
11月5日 陳水扁二度提出羈押抗告後，臺灣“最高法院”經過法官的合議庭評議，予以駁回。
12月24日 特偵組偵辦二次金改、洗錢等第三波扁案，依貪污、洗錢等罪，起訴23人。陳水扁夫婦、子女陳致中、陳幸妤一家全遭起訴。
2010年
2月3日 陳水扁家庭成員被控偽證案在臺灣高等法院二審宣判，吳淑珍被判1年6個月，減刑為9個月，陳致中、陳幸妤及丈夫趙建銘判刑6個月，減刑為3個月，陳敏熏被判刑8個月。
2月22日 扁家偽證案二審宣判時，陳水扁夫人吳淑珍與子女、女婿及前臺北101董座陳敏熏等被告均未獲緩刑，5人于當日透過律師提上訴。臺灣高等法院表示，已收到5人上訴狀。
4月16日 臺灣高等法院作出裁定，再延押陳水扁2個月。
4月21日 陳水扁被臺灣高等法院裁定羈押後，律師團向最高法院遞狀提出抗告。
5月5日 陳水扁“機要費案”中，被以偽證罪起訴的“羅太太”和夫婿，遭臺北地方法院各判處6個月有期徒刑。
5月6日 臺灣“最高法院”駁回陳水扁的抗告，續羈押至6月23日。
5月10日 臺北地方法院開庭審理陳水扁被控“二次金改”弊案，這是扁案爆發以來，扁家成員首次在法庭上大團圓，陳水扁和妻子吳淑珍坐在被告席上。
5月23日 陳水扁家族遭瑞士檢方查扣的“海角7億”，首度匯回100萬美金(約3200萬元台幣)到特偵組指定賬戶，扁律師緊急向高等法院遞狀，聲請具保停止羈押扁，希望爭取扁二審宣判前獲釋。
5月26日 在臺灣特偵組證實扁家遭瑞士凍結的2100萬美元已匯回100萬同時，瑞士檢方表示，儘快把陳水扁家族遭凍結資産交還給臺灣有關當局是雙方合作的共同目標，但需要時間。
5月28日 陳水扁辦公室發言人江志銘參選北市議員，發表陳水扁一封親筆信函。陳水扁信中提到“卻被關在北所(臺北看守所)這個鬼地方”。
5月28日 臺當局“檢察總長”黃世銘證實，扁家的“海角7億”，27日匯回第二筆100萬美元(折合新台幣3220萬元)到特偵組指定賬戶。
6月2日 臺特偵組指出，陳水扁家族遭瑞士凍結的2100萬美元，瑞士相關銀行當日再匯回52萬餘美元及100萬美元到臺檢方指定賬戶，換算總計約為新台幣4933萬元。
6月8日 經過將近9個月審理，陳水扁被控貪污“元首外交零用金案”，臺北地方法院判陳水扁無罪。
6月9日 臺灣高檢署特偵組表示，扁家再從瑞士匯回100萬美金到特偵組指定賬戶。目前扁家總計已匯回美金452萬餘元，合計約1.4億元新台幣。
6月11日 臺灣檢方特偵組當日淩晨指出，已再收到瑞士匯回的陳水扁家68檔證券，目前完成交割50檔，金額約700萬美元，折合新台幣約2億2千余萬元。
陳水扁家族弊案二審宣判，臺灣高等法院上午10時許二審宣判，陳水扁判刑20年，陳水扁妻子吳淑珍被判14年。
11月5日 金改案一審，臺北地院判決陳水扁、吳淑珍及扁家子女、相關企業高層等全部被告無罪。
11月11日 臺灣“最高法院”公告當日已將前臺灣地區領導人陳水扁家所涉4大弊案中的龍潭購地案、前101董事長陳敏熏給款案3審判刑定讞。陳水扁、吳淑珍夫婦因龍潭購地弊案各被判刑11年，並科罰金新台幣1.5億元。陳敏熏給款部分各被判刑8年。並科罰金新台幣500萬元。至於合併執行刑應訂幾年，“最高法院”裁定由檢察官再向臺灣“高等法院”聲請。
至於機要費案、南港展覽館案及在島外洗錢(含陳致中、黃睿靚)部分，“最高法院”也將二審撤銷，發回“高等法院”更審。
12月1日 臺灣地區“最高法院”將前臺灣地區領導人陳水扁夫婦龍潭購地弊案、陳敏薰人事案收賄的定讞判決書及卷證送交臺灣“高檢署”、陳水扁辦公室接獲通知，將於次日移送監獄。
12月2日 下午13時多，陳水扁被押送至桃園龜山鄉的臺北監獄，正式入監，編號1020號。陳水扁成為臺灣地區歷史上第一位被判入獄的前任領導人。
吳淑珍部分，將由臺北地檢署囑託高雄地檢署執行，具體時間當再議。
至於龍潭購地弊案遭判11年、陳敏薰人事案遭判8年，兩案合併執行刑度，將由“高檢署”向“最高法院”聲請訂定，在此之前，不影響陳水扁夫婦服刑時程。
12月6日 臺灣高檢署召集臺北地檢署、高雄地檢署開會研議後，決定吳淑珍部分由臺北地檢署囑託雄檢代為執行。
12月7日 臺北地檢署將吳淑珍的案卷移交高雄地檢署，委由雄檢代為執行。
12月9日 高雄地檢署先調取吳淑珍的就醫資料和旅行證件措施，陸續送請臺中監獄附設培德醫院評估。
2011年
1月4日 高雄地檢署調取吳淑珍相關病歷資料送培德醫院評估，表示吳淑珍發監執行作業沒有時間表。
1月26日 臺“法務部”批准吳淑珍可由高雄地檢署跨區直接發監送臺中監獄執行，並先由培德醫院醫師進一步醫療評估。
2月18日 吳淑珍由陳致中陪同向高雄地檢署報到，由檢察官進行人別訊問確認身份後，再由法警押送搭高鐵前往臺中監獄附設培德醫院。
