大學的自主權，與資金來源有關，但更主要取決於部門管理大學的模式，説到底，公辦學校之所以行政化，主要原因在於有關部門不願意放權。
“南科大去行政化的改革為什麼艱難？因為它是一所公辦學校。政府出錢舉辦的大學，政府當然要管，要求公辦學校去行政化，其實是一個偽命題。除非這所學校由民間舉辦。”最近，一位985高校校長與我分析南科大的改革，如此談到南科大改革難的根本原因。
這位大學校長的説法，並不新鮮。近年來我多次聽到教育官員和學校校長分析高校的行政化，他們的基本看法是：“行政化”是公辦大學的必然，政府出錢舉辦的大學，要讓政府不管學校，不委派他們放心的幹部，不評價大學的辦學業績，是不可能的，因此，要求公辦大學去行政化，根本做不到；要辦好大學，主要在於解決大學內部的問題。
這種觀點，有很強的迷惑性，深入分析，就不難發現其邏輯根本就不成立。公辦大學的錢，其實是納稅人的錢，因此，對於錢該怎麼使用，學校該怎麼管理，應該由納稅人參與決策。
在發達國家，公立大學的管理，就體現出了“納稅人參與決策”這一原則。政府在管理學校辦學時，不是直接向學校髮指令，而是通過大學理事會（或董事會）進行決策。大學理事會（董事會）的構成十分廣泛，包括政府官員、立法機構成員、大學校領導、大學教師代表、學生代表、校友代表和社會賢達人士。在這樣的構成中，政府官員只佔大學理事會的一部分，代表政府部門的意見。
大學理事會治理，就既體現了舉辦者的辦學意圖，又廣泛吸收與辦學相關的各方利益群體的意見。這就讓公立大學有了公立的本色，同時避免了政府部門強勢干預學校的具體辦學。在大學理事會的治理中，大學校長的選拔、任命，也從過去的單向任命，改為在大學理事會的領導下，由專門的機構進行公開遴選，按照這一機制選拔、任命的校長，就會從只對政府部門負責，變為對大學理事會負責。由於理事會代表廣泛的辦學利益，因此，也就是對具體辦學負責和師生負責。在理事會選拔、任命校長後，具體的學校辦學事務，理事會將不再參與，而是給予校長充分的空間。
很顯然，公辦大學的“行政化”不是必然的，那種認為公辦大學避免不了行政化的觀點，是為政府管理大學的思維進行辯護。部門通過撥款權，把人事權、財權都掌握在自己手中。對應大學的理事會治理，在發達國家，對於公辦學校的撥款，也不是由部門單方面決定，而是由國家或地方教育撥款委員會決策。這一撥款委員會，通常由立法機構組成，既有專業意見，也代表廣泛的民意。在國家或地方教育撥款委員會決策後，部門只是執行機構。
説到底，公辦學校之所以行政化，主要原因在於部門不願意放權，把學校變為自己的下屬機構。合理的政府和學校的關係是，部門只是學校的舉辦者，負責保障學校的投入和依法監管學校辦學，具體的辦學事務和對學校的評價，這不在部門職責範疇的事。
由於部門不願意放權，我國的民辦學校，也面臨嚴重的行政化問題。雖然民辦學校的辦學資金來自民間，部門不能管到學校校長的任命和撥款，可是部門照樣把辦學的具體權力掌握在手中，包括招生權、專業設置權、課程設置權，民辦學校和公辦學校一樣，都沒有。所以，大學的自主權，與資金來源有關，但更主要取決於部門管理大學的模式。
