2004年10月，陳水扁拋出第二次金融改革方案，宣稱要在2005年底實現公營金融機構的公股減半、2006年底實現金融控股公司減半、促成三家金融機構市場佔有率在10%以上、金融機構由外資經營或到海外上市等四大目標。然而，要在短短的兩年時間左右完成所謂的“二次金改”，是一個極為艱巨的任務，而且改革的時程、目標與做法等引起各界的質疑。

　　金融改革是一項專業性甚強、涉及面廣、利益關係複雜的經濟改革，本來應由“行政院”所屬的財經專業部門主導推動。然而，金融改革在臺灣卻全部走調，陳水扁拋開“行政院”，親自主導了這一改革，專業部門成了配角，使得金融改革一開始就賦予了太多的政治意義與政治考慮。

　　陳水扁通過公營金融機構的民營化，將財富轉向支援陳水扁的“綠色財團”，培養親扁（或親民進黨）的金融資本集團，成為綠色勢力的依靠經濟力量。許多學者對金融改革本身並不反對，但卻質疑陳水扁不尊重專業的粗糙做法，他們對在今年底完成公營機構公股減半與明年底合併為七家金融控股公司做法持強烈的反對態度。