2009年10月23日，臺衛生主管部門宣佈放寬美國牛肉進口，根據臺美雙方在華盛頓簽署的“美國牛肉輸臺議定書”，輸臺的美國牛肉為30月齡以下帶骨牛肉、絞肉、加工肉品。此舉在島內引發強烈爭議，不僅民進黨大加撻伐，提出重新開啟與美國的牛肉談判、並試圖發起所謂“公投”聯署，一些藍營執政的縣市也發起組成“拒吃美國牛內臟絞肉脊髓聯盟”。而當局在美國牛肉具體進口部位上的説辭反覆，前後標準不一，更讓馬團隊繼“八八水災”之後，再次遭遇信任危機。