原陳水扁辦公室主任馬永成等其他5名被告，分別依照貪污、偽造文書、偽證等罪嫌被提出起訴、緩起訴。

　　消息傳出後，中國國民黨、親民黨、“臺灣團結聯盟”等島內主要政黨以及民進黨內年輕一代黨員，紛紛要求陳水扁立即辭職下臺。國民黨主席馬英九3日下午表示，陳水扁既然被臺灣司法機關認定涉嫌貪污和偽造文書，就應以臺灣為念、以蒼生為念，儘快辭職下臺。國民黨3日晚舉行臨時中常會，決定於11月5日下午在臺北舉行“終結貪腐人民做主大遊行”，號召民眾積極參與遊行，一起到陳水扁辦公場所前要求陳水扁辭職下臺。會議還決定，如果陳水扁不在48小時內下臺，國民黨將於下周在臺灣“立法院”第三次提出罷免陳水扁的提案。

　　親民黨主席宋楚瑜3日晚間與馬英九會面。宋楚瑜在會面結束後表示，國親兩黨共同主張陳水扁立即無條件下臺，靜候司法公正調查；並呼籲民進黨應該回應廣大民意，和在野黨一起要求陳水扁下臺。他説，兩黨“立法院”黨團已經開始聯署彈劾與罷免陳水扁案。

　　與民進黨同屬於泛綠陣營的臺聯黨主席蘇進強表示，臺聯黨在臺灣“立法院”第一次審議陳水扁案時曾公開聲明，如果陳水扁與吳淑珍有涉及貪腐、弊案的具體事證，臺聯黨將要求陳水扁下臺。現在檢方已認定陳水扁和吳淑珍有不法行為，如果泛藍陣營第三次提出罷免陳水扁，臺聯黨將予以支援。

　　民進黨內的青年團體“綠六組”、“世代論壇”表示，對陳水扁涉嫌貪腐“感到無比的悲痛與憤怒”。陳水扁應立即負起政治責任，辭去臺灣地區領導人職務並靜候司法審判。民進黨應開除陳水扁、吳淑珍和所有涉案黨員的黨籍，如陳水扁不願辭職，民進黨應立即啟動彈劾及罷免程式。

　　在“倒扁總部”的號召和總指揮施明德的帶領下，部分臺灣民眾3日晚重回陳水扁辦公場所前的凱達格蘭大道集會靜坐。“倒扁總部”發表聲明，要求陳水扁立刻辭職下臺，否則將持續靜坐。

　　民進黨中央3日晚召開臨時擴大中執會，經過長達4小時的討論，決定對在“機要費”貪腐案中被起訴的吳淑珍等4名黨員給予“停止黨權（行使黨員權利）”的處分，並將他們移送民進黨中央評議委員會儘速處理；要求陳水扁立即對檢方起訴書中列舉的疑點，作出公開説明。民進黨並就“機要費”貪腐案向臺灣社會公開道歉。

　　截至記者發稿時，陳水扁夫婦對此未作出任何公開回應。