馬英九曾在美國短暫工作,1981年後,歷任美國馬利蘭大學法學院研究顧問,美國波士頓第一銀行法律顧問,美國紐約華爾街柯爾迪茲律師事務所實習律師,後返回臺灣擔任“總統府”第一局副局長,兼政治大學法律研究所副教授。
1982年,馬英九任蔣經國英語翻譯。在1984年後的十五年中,他先後出任國民黨中央副秘書長(至1988年)及多種行政職務。1998年12月當選臺北市市長,2002年12月連任(至2006年12月卸任)。
馬英九是國民黨第十三、十四屆中央委員。1999年8月、2001年7月分別當選國民黨中央常務委員。2003年3月,當選為國民黨副主席。2005年7月,以72.36%的得票率當選為國民黨主席,同年8月正式就任。
2007年2月13日,馬英九因在臺北市長任內“特別費”的使用,而被臺灣“高等法院檢察署”起訴(後經臺灣法院二審、三審宣判無罪),馬英九曾承諾若遭起訴即辭去中國國民黨主席職務,乃于同日請辭黨主席並正式宣佈參選2008年臺灣“總統”。2008年3月22日,臺灣地區領導人選舉舉行了投票。中國國民黨籍候選人馬英九、蕭萬長獲勝。2009年7月26日,中國國民黨舉行黨主席和黨代表選舉,馬英九當選黨主席,獲得285354票,得票率為93.87%。2009年10月17日,在中國國民黨第十八次代表大會開工英九宣誓就任國民黨主席。
2008年11月會見了訪問臺灣的海協會會長陳雲林及協商代表團主要成員。
英文造詣較深,著有《勇者的證言——追索忍尼辛的哈佛演説》等。
馬英九和夫人周美青育有兩女,長女馬唯中,次女馬元中。