1972年日本外務省發表《關於尖閣列島主權的基本見解》，聲稱：“該列島向來構成我國領土西南諸島的一部分，而根據明治二十八年五月生效的《馬關條約》第二條，該列島並不在清朝割讓給我國的臺灣、澎湖諸島內。”這成為日本所謂擁有釣魚島主權的依據之一。然而，事實果真如此嗎？
一、關於《馬關條約》及其第二款
《馬關條約》第二款第一項、第三項對同時讓與的遼東半島、澎湖列島的地理範圍有明確的界定，為什麼僅對“臺灣全島及所有附屬各島嶼”進行了模糊表述？從日方公開的有關《馬關條約》交涉議事錄的記載，我們可見日本政府在條約中模糊處理臺灣附屬島嶼的用心。
1895年6月2日中日簽署《交接臺灣文據》前，關於臺灣附屬各島嶼包括哪些島嶼，成為雙方討論的焦點。當時日本公使水野弁理和清政府全權委員李經方之間討論的紀要收錄于日本公文書館，並見於日本學者濱川今日子所著《尖閣諸島之領有論點》一文中。在會談中，李經方擔心日本在日後將散落于福州附近的島嶼也視為臺灣附屬島嶼而對中國提出島嶼主權要求，於是提出是否應該列出臺灣所有附屬島嶼的名錄。水野回復説，如果將島名逐一列舉，難免會出現疏漏或涉及無名島嶼問題，如此一來該島將不屬於日、中任何一方，從而帶來麻煩；有關臺灣附屬島嶼已有公認的海圖及地圖，而且在臺灣和福建之間有澎湖列島為“屏障”，日本政府決不會將福建省附近的島嶼視為臺灣附屬島嶼。鋻於日方的表態，李經方同意對臺灣附屬各島嶼不逐一列名的處理。
水野談話表明，日本政府承認臺灣附屬島嶼已有公認的海圖及地圖，因而不需要在接管臺灣的公文中列出釣魚島列嶼，從這一點看，日本政府實際上承認釣魚島列嶼是臺灣附屬島嶼，因為釣魚島列嶼在公認的海圖及地圖上早已標明它屬於中國；另一方面，這段對話還表明，日本政府會談代表水野有意隱瞞另一個事實，即在《馬關條約》簽署前3個月，日本政府已召開內閣會議秘密將釣魚島編入了沖繩縣。
1885年至1895年的10年間，沖繩地方政府一直圖謀建立“國標”，從而將釣魚島納入其管轄範圍，但日本政府鋻於釣魚島為“清國屬地”，一旦建立“國標”，恐引起清國警覺和爭議，因此始終未予核準。當甲午戰爭日本即將獲勝之際，日本政府感到攫取釣魚島列嶼時機已到，於是在1895年1月14日召開內閣會議，秘密決定：釣魚島等島嶼“應按照該縣知事呈報批准該島歸入沖繩縣轄，準其修建界樁”。事實上，關於在釣魚島修建界樁，沖繩縣並未立即執行。據井上清教授披露，直到1969年5月5日，沖繩縣所屬石垣市才在島上建起一個長方形石制標樁。日本內閣會議的這一決定是密件，過了57年後，于1952年3月在《日本外交文書》第二十三卷對外公佈，此前清政府以及國際上完全不知情。
既是如此，在很長時間內，日本政府並未公開宣稱對釣魚島擁有主權。1896年3月日本發佈名為《有關沖繩縣郡編制》的第十三號敕令，明治天皇並沒有將釣魚島明確寫入。而第十三號敕令卻被日方視為其擁有釣魚島主權的依據之一，顯然是欺騙世人。
日本“竊佔”釣魚島絕非什麼“和平方式”，而是近代殖民侵略的産物，是甲午戰爭中日本戰略的一環。正是基於侵華戰爭勝券在握，日本內閣才搶先竊據釣魚島，接著才有了不平等的《馬關條約》；正是通過《馬關條約》，日本力圖以所謂條約形式，實現其對釣魚島“竊佔”行為的“合法化”。這一歷史過程是清楚無誤的，是史家的共識。
二、釣魚島早就是中國臺灣的附屬島嶼
根據中國歷史文獻記載，“釣魚島是臺灣附屬島嶼”這一事實，是明確無誤的。明朝嘉靖四十四年（1565）成書的《日本一鑒》，由“奉使宣諭日本國”的鄭舜功撰寫。該書明確記錄了從澎湖列嶼經釣魚島到琉球再到日本的航路，其中特別記錄釣魚島為中國臺灣所屬：“釣魚嶼，小東小嶼也。”小東島是當時對臺灣的稱謂。上述航路，不僅準確記錄了釣魚島與臺灣島等島嶼之間的地理關係，而且明白無誤地指出釣魚嶼是臺灣所屬小島。《日本一鑒》是具有官方文書性質的史籍，它反映出明朝政府早已確認釣魚島列嶼是屬於臺灣的小島群。
在明清兩代，臺灣屬於福建省轄地。光緒十一年（1885），鋻於日本和西方列強對臺灣的覬覦和侵略，臺灣防務形勢嚴峻，臺灣在行政上以一府的地位難以應對，清政府決定在臺灣建省。建省以前，釣魚島列嶼作為臺灣府所轄之島嶼納入福建海防範圍。
明嘉靖四十一年（1562）閩浙總督胡宗憲幕僚鄭若曾著《籌海圖編》，其中《沿海山沙圖》中記錄了臺灣、釣魚島、黃尾嶼、赤尾嶼等島嶼屬於福建海防範圍。萬曆三十三年（1605）徐必達等人繪製的《乾坤一統海防全圖》及天啟元年（1621）茅元儀繪製的《武備志 海防二 福建沿海山沙圖》，也將釣魚島等島嶼與臺灣島作為同一個防區劃入中國海防範圍之內。
清康熙六十一年（1722），黃叔璥任清政府第一任巡臺御史，乾隆元年（1736）他“以御史巡視臺灣”身份作《臺海使槎錄》（又名《赤嵌筆談》），其卷二《武備》列舉了臺灣所屬各港口，不僅將釣魚島視為中國海防前沿要塞，而且表明釣魚島在行政上早已屬於臺灣府管轄。
《臺海使槎錄》是公文文書，其影響甚廣，此後史家多有引用，如乾隆年間的《臺灣府志》，基本引用了上述內容：“臺灣港口”包括“釣魚臺島”。類似記載在其他官員的公文文書中也屢見不鮮，如乾隆十二年（1747），時任巡視臺灣兼學政監察御史范鹹著《重修臺灣府志》明確指出，釣魚島等島嶼已劃入臺灣海防的防衛區域內，屬於臺灣府轄區。同治十年（1871）刊行《重纂福建通志》，其中《臺灣府 噶瑪蘭廳》載：“北界三貂，東沿大海……又山後大洋北有釣魚臺，港深可泊大船千艘。”類似記載見於余文儀著《續修臺灣府志》、李元春著《臺灣志略》以及陳淑均纂、李祺生續輯《噶瑪蘭廳志》等史籍中。
此外，法國人蔣友仁1760年繪製了《坤輿全圖》，其中《臺灣附屬島嶼東北諸島與琉球諸島》中有彭嘉、花瓶嶼、釣魚嶼、赤尾嶼等，把上述各島嶼均置於臺灣附屬島嶼中。日本人林子平1785年出版的《三國通覽圖説》所附《琉球三省及三十六島之圖》，圖中繪有花瓶嶼、澎佳山、釣魚臺、黃尾山、赤尾山，這些島嶼均涂上中國色，表明為中國所有。1809年法國人皮耶 拉比和亞歷山大 拉比繪製了彩圖《東中國海沿岸圖》，圖中將釣魚嶼、赤尾嶼繪成與臺灣島相同的紅色，將八重山、宮古群島與沖繩本島繪成綠色，清楚地標示出釣魚臺列嶼為臺灣附屬島嶼。
綜上所述，儘管日方力圖割裂釣魚島與中國臺灣的歷史聯繫，並一再否認《馬關條約》中的“臺灣附屬島嶼”包括釣魚島。但大量歷史文獻表明，中國政府將釣魚島納入臺灣轄下，從海防和行政兩個方面都對釣魚島實施了長期的有效管轄，釣魚島不是無主地，而是中國臺灣的附屬島嶼。釣魚島列嶼不僅有中國漁民長期經營，而且至少從明代中葉開始就納入中國政府的海防範圍，由中國政府採取了實際管轄措施。這一歷史事實，比日本所稱1895年1月內閣決定竊據早了三百幾十年。
三、釣魚島與甲午戰爭及“沖繩處分”
日本內閣秘密將釣魚島列嶼劃入沖繩縣管轄，與甲午戰爭有關，也與日本的“沖繩處分”有關。沖繩本是琉球王國所在地。琉球王國是一個獨立的國家，明初即接受明朝皇帝冊封，是明清時期中國的藩屬國。明洪武五年（1372），明朝派出冊封使到琉球，此後歷代冊封使不絕於途。日本幕府末期，日本與琉球相鄰的島津藩主強迫琉球向自己進貢，但琉球王國照舊向清政府納貢稱臣。明治維新後廢藩置縣，明治政府開始顯現軍國主義傾向，矛頭指向朝鮮、琉球和中國。此後，日本利用各種藉口侵略琉球、朝鮮和中國的事件時有發生。1872年日本利用琉球漂流民在臺灣南部被所在地居民殺害一事，向清政府問罪。口實有二：琉球民是日本屬民，臺灣南部“番地”是無主地。日本派出的交涉使把清政府總理衙門大臣説的臺灣番地是“政教不及之所”，偷換概念，變成“政權不及之地”。1874年日本蠻悍地派兵侵入臺南，引起中日之間嚴重交涉。那時候，日本國力尚不能與清朝抗衡，在取得清朝50萬兩白銀賠款後退兵。征伐臺灣與侵略琉球是同時進行的。1874年2月日本政府通過的《臺灣番地處分要略》提出，阻止琉球向清政府進貢“可列為征伐臺灣以後之任務”。1875年，日本天皇強令琉球斷絕與清朝的冊封關係。1877年底，清政府駐日公使何如璋在東京考察了琉球問題後指出：“阻貢不已，必滅琉球；琉球既滅，行及朝鮮。”“臺澎之間，將求一日之安不可得。”1878年10月，何如璋向日本外務省發出照會，譴責日本阻止琉球向清朝朝貢為“背鄰交，欺弱國”，是“不信不義無情無理”。1879年，日本政府以武力派往不設軍隊的琉球，將琉球國王強行解到東京，吞併琉球王國，將它改名為沖繩縣。這在日本歷史上美其名曰“琉球處分”。
日本此舉立即引起了清政府的抗議。中日之間由此展開了琉球交涉。日本提出了“分島改約”方案，即把宮古、八重山群島劃歸中國，琉球本島以北諸島歸日本，試圖誘使清政府承認日本吞併琉球，但必須以修改中日《修好條規》為前提。《修好條規》是1871年中日之間締結的建交條約，是一項平等條約。所謂修改條約，即是清政府允許在《修好條規》中加入日本人在華“一如西人”，享有與歐洲人在華通商“一體均沾”的權利。清政府提出了三分琉球的方案，即北部原島津藩屬地諸島劃歸日本，琉球本島為主的群島還給琉球，並恢復琉球國王王位，南部宮古、八重山群島劃歸中國，待琉球複國後送給琉球。1880年，清政府正在處理在伊犁問題上與俄國發生的糾紛，準備對日退讓，便與日本議定了分島改約方案。中方隨後認識到分島改約方案無助於琉球複國，改約徒使中國喪失權利，分島改約方案未及簽字。1882年—1883年間，中日就此問題的談判仍在進行。在討論重新簽訂中日《修好條規》時，清政府再提琉球問題，日本外相表示把修改貿易條款與琉球問題分開，清政府談判代表反對。問題一直拖下來。直到1887年，總理衙門大臣曾紀澤還向日本駐華公使鹽田三郎提出，琉球問題尚未了結。但日本已經把琉球據為己有，對清政府的態度就不管不顧了。琉球處分問題在中日之間成為一個懸案。
就是在這種背景下，出現了1885年—1895年之間日本政府（包括琉球政府）商討在釣魚島設置“國標”以及把釣魚島列嶼劃歸沖繩縣的問題。在釣魚島設置“國標”以及把釣魚島列嶼劃歸沖繩縣是與日本完成攫奪琉球並進而指向臺灣聯繫在一起的。
《馬關條約》簽訂，清政府沒有能力重提琉球，臺灣以及附屬諸島（包括釣魚島列嶼）、澎湖列島、琉球就被日本奪走了。但是，1941年中國政府對日宣戰，廢除《馬關條約》。隨後《開羅宣言》、《波茨坦公告》做出了戰後處置日本的規定，日本天皇接受了這些規定。依照這些規定，不僅臺灣及其附屬諸島（包括釣魚島列嶼）、澎湖列島要回歸中國，歷史上懸而未決的琉球問題也到了可以再議的時候。
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