根據臺灣當局“憲法”規定，“行政院”是臺灣當局最高行政機關，院長由“總統”提名，經“立法院”同意後任命；“總統”公佈法律、發佈命令，須經“行政院”院長和有關部會首長的副署；“行政院”副院長、各部會首長和不管部會之政務委員，由“行政院”院長提請“總統”任命；“行政院”向“立法院”提出法律案、預算案、戒嚴案、大赦案、宣戰案、媾和案及條約案及其他重要事項或涉及各部會共同關係事項；“行政院”對“立法院”所決議的法律案、預算案、條約案及重要政策有異議時，須經“總統”的核可，才能移送“立法院”復議，若出席“立法院”的三分之二“立法委員”表決維持原決議，“行政院”長應接受該決議或辭職。
1997年第三屆“國民大會”通過的“憲法增修條文”改為“行政院長”由“總統”任命，不須經“立法院”同意；同時取消了“副署權”；“行政院”對“立法院”通過的法案不滿，可以要求限期復議等。
“行政院”于1948年5月在南京成立。根據1948年7月通過的“行政院”組織法，“行政院”設有“內政部”、“外交部”、“國防部”、“財政部”、“司法行政部”、“農林部”、“工商部”、“交通部”、“社會部”、“水利部”、“教育部”、“糧食部”、“地政部”、“衛生部”等14個部以及“僑務委員會”、“資源委員會”、“蒙藏委員會”等三個委員會。以後又多次進行了調整、變更。經過多次調整，“行政院”現有“內政部”、“外交部”、“國防部”、“財政部”、“經濟部”、“教育部”、“法務部”、“交通部”等八個部，“僑務委員會”、“蒙藏委員會”，“主計處”、“新聞局”、“衛生署”、“中央銀行”、“人事行政局”、“經濟建設委員會”、“農業委員會”、“研究發展考核委員會”、“國家科學委員會”、“原子能委員會”、“國軍退除役官兵輔導委員會”、“青年輔導委員會”、“文化建設委員會”、“大陸委員會”、“勞工委員會”、“中央選舉委員會”、“原住民委員會”、“體育委員會”、“海岸巡防署”、“環境保護署”、“國立”故宮博物院等機構。另有一些任務編組機構。
“行政院”組織即“行政院”會議，是“行政院”的決策機關，由“行政院”正副院長、8部2會、及不管部會之7名政務委員組成，院長主持會議，並邀請有關人員列席備詢。其主要職權是提出法案，決定重要政策人事的任免及其他重要事項。“行政院”會議必須經部長和出席過半數以上政務委員的同意才能形成決議。
“行政院”內部，依“行政院”組織法設秘書長、副秘書長，均列席“行政院”會議。秘書長承院長之命處理“行政院”事務，並指揮監督所屬職員。副秘書長協助秘書長工作。“行政院”內設秘書處、參事單位、訴願審議委員會、法規委員會、會計室、人事室等處理幕僚業務。
