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環島:縱貫線(于竹南及彰化間的路段又分為臺中線及海岸線)、屏東線、南回線、臺東線、北回線與宜蘭線組成
支線:平溪線、內灣線、集集線、深澳線、林口線、舊山線、臺中港線、花蓮港線(部分廢止)、高雄臨港線(擬改建輕軌)、基隆港線(2003年底部分廢止,擬改建輕軌),及部分軍用或連結食品、工業工廠專用線組成。
過去尚有淡水線(改建捷運線)、新店線(南段改建捷運線)、中和線(終點站改建捷運車站及機廠)、松山線(軍用機場支線,已拆)、東港線、東勢線、神岡線(軍用機場支線)等線。計劃興建則有六家線、沙崙線、恒春線、海生館線、北宜直線鐵路等。
輕便鐵路