清政府統一台灣後，康熙23年（1684年），清朝在臺灣設立臺灣府，下轄臺灣、鳳山和諸羅三縣。隨著臺中盆地和彰化平原的開發，雍正元年（1723年），在原來諸羅縣內增設彰化縣和淡水廳。雍正5年（1727年），將分巡臺廈道分為二道，興泉永道駐廈門，臺灣道專門統領臺灣和澎湖，並新設澎湖廳，由臺灣府派出一名通判常駐。乾隆52年（1787年），諸羅縣改為嘉義縣。到嘉慶17年（1812年），隨著噶瑪蘭的開發，增設噶瑪蘭廳。到光緒元年（1875年），在艋舺創建臺北府、基隆廳、卑南廳和埔裏社廳，增設恒春、淡水兩縣，淡水廳縣改為新竹縣，噶瑪蘭廳改為宜蘭縣。
清朝在臺灣地區設立的行政機構，分為文武兩個系統。文官系統由道員、知府、知縣組成。臺灣道是最高行政長官，正四品，如加兵備銜則負有地方保安責任，如加按察銜則有掌握司法和教育的責任。知府為二等行政長官，從四品，下設同知、通判、經歷等官員，負責行政、司法、財政等事務。知縣為三等行政長官，下設縣丞、主簿、典史等官員，負責縣級行政、司法和財政等務。為改善吏治，康熙60年（1721年）起又每年派遣御史來到臺灣巡查。
武官系統分為總兵、副將、參將、遊擊、都司、守備、千總、把總。臺灣鎮總兵為最高軍事長官，正二品，歸福建水師提督指揮，與臺灣道分管軍、民兩政。清朝政府在臺灣的正常駐軍臺灣鎮有總兵1 人，有鎮標3營、安平水師副將營、澎湖水師副將營、南路參將營、北路參將營等，有武官100人、士兵共14000人左右。
清朝在臺灣已經建立起完整、系統的行政機構，有效實施對臺灣的管理，對臺灣地區全面開發，對臺灣地區的經濟發展、社會穩定起過不小的作用。當然，處於全面開發狀態中的臺灣，在農民階級和地方階級之間、在百姓與官府之間、在不同族群之間、在移民和高山族之間，存在不同程度的矛盾，這些矛盾長期支配著社會的運作，成為社會動亂的根源。
清朝時期，在民間流行著“三年官，兩年滿”的説法，説的是許多清朝駐臺官吏三年一換，他們無心問政，只知官兵勾結、官匪勾結，欺壓百姓，撈取民脂民膏，把任職臺灣當作搜括飽囊的過境之處，臺灣成為貪官污吏的集散地。在民間還流行著“一隻牛兩層皮”的説法，説的是農民既要受“小租戶”的剝削，又要受“大租戶”和當局的剝削，田賦丁稅十分繁重，因此在臺灣形成“三年一小反，五年一大亂”的説法，在清朝統治臺灣的212年，大大小小民變事件發生116次。其中發生於康熙60年（1721年）的朱一貴起義、乾隆51年（1786年）的林爽文起義、1794年（乾隆59年）蔡牽起義、1795年（乾隆60年）陳週全起義、1832年（道光12年）張丙起義、同治元年（1862年）的戴潮春起義，則是規模較大的起義。則是百姓和官府矛盾、農民階級和地主階級矛盾的集中反映，是官府強徵暴殮、地主殘酷剝削、吏治腐敗不堪的集中體現。
西方殖民者東侵以來，美國、日本、法國和英國等列強先後在臺灣進行軍事挑釁，加劇了中國邊疆領土危機。在這種情況下，清政府上層在如何治理臺灣的態度和方式開始出現變化，由“防內變為主”改為“防禦外侵為主”，清朝督辦南洋海防事務的福建船政大臣、後任欽差大臣的沈葆楨、福建巡撫丁日昌等人，把臺灣稱為“七省藩籬”、“南北洋關鍵”、“中國第一門戶”，一再反覆強調臺灣地位的重要性。他們還多次上奏折，建議在臺灣設立行省，以加強吏政，有效管理孤懸海外的臺澎地區，鞏固海防。
在臺灣設省的建議在當時的邊疆危機下，有了實現的可能。1874年5月，日本出動3000人侵佔中國臺灣瑯嶠，在榨取中國的50萬兩白銀後於當年底撤走。日本的侵略行動喚醒了清朝上層對加強臺灣地區防務和建設的認識，一些有識之士提出在臺灣設省。這一建議最早是丁日昌提出來的，1875年11月沈葆楨提出，在閩浙總督名下設立“福建巡撫”，“冬春駐臺灣，夏秋駐福州”。1876年春新任福建巡撫丁日昌無法按期駐臺灣，奏請朝廷另派重臣常駐臺灣，改設“臺灣巡撫”，這樣實行3年的“冬春駐臺”改為臺灣單設巡撫。直到1884年6月，清朝才派出直隸提督劉銘傳加封巡撫銜，督辦臺灣政務和防務。不管影視作品把他説成什麼樣子，劉銘傳確實是一個有作有為的官員。
1883年12月，中法戰爭爆發。在中國南部邊疆強迫簽訂不平等簡約後，法國違約把矛頭對準中國臺灣。6月26日，劉銘傳以巡撫銜督辦臺灣軍務，7月16日到達基隆，與臺灣道劉璈一起加強臺灣防務。8月6日，取得基隆大捷，佔領基隆港的法軍被趕走。10月1日，法軍在基隆強行登陸，8日進攻淡水，劉銘傳指揮清軍重創上岸的法軍。
從總體上看軍事上沒有失敗的中國，在政治上再次慘敗，中國被迫與法國簽訂喪權辱國的最後和約。面對危機，加強臺灣防務尤為必要。閩浙總督楊昌浚、欽差大臣督辦福建軍務左宗棠，于7月再次上書，要求在福建臺灣兩地“巡撫分駐”、“建省分治”。光緒11年（1885年）10月12日，垂簾聽政的慈禧太后，在下旨創建海軍的同時，下旨同意詔請左宗棠的奏請，福建政務由閩浙總督兼管，將福建巡撫改為臺灣巡撫，正式下詔在臺灣建省。到1888年正式實現閩臺分治，臺灣單獨設省，由原來的2府8縣4廳增為3府11縣4廳1直隸州。首任福建臺灣巡撫為劉銘傳。正是這位巡撫，打開了臺灣的近代經濟發展之門。
歷史沿著應該有的軌跡走到現在，在“巡檢司”設立、充滿風雨的550年之後，臺灣成為清朝的第20個行省。臺灣省建制的建立，對外主要是為了鞏固東南海防，防禦外國列強的侵略，加強軍事防務；對內則開始近代工業化過程，開礦、郵政、交通、墾荒、教育事業等相繼發展起來。從此，臺灣社會進入了大規模開發時期。
正是歷史上兩岸的來往，正是在這種延綿數千年的交往中，聯結起兩岸人民的心靈；臺灣與大陸不可分離，有著深厚的歷史淵源和文化沉澱。
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