對當時國民黨政府在學校實行“以黨治校”“黨化教育”，作為國立大學校長，竺可楨自然無法公開徹底反對，但在實際管理中，他總是將這類“黨治”減致最低，而且一有機會，他就不厭其詳地宣揚學術、教育獨立。1936年為紀念母校哈佛大學三百週年，他寫了《美國哈佛大學三百週年紀念感言》一文公開發表，在文章最後，他意味深長地寫道：哈佛辦學方針主要有兩點，“第一，主張學校思想之自由，即所謂Academic Freedom。反對政黨和教會的干涉學校行政與教授個人的主張。第二，學校所研究的課目，不能全注重於實用，理論科學應給予以充分發展之機會。這兩點主張與英國大學的方策一樣，而與義大利、德意志、蘇聯各國之政策，則大相徑庭。世界各國辦大學教育之分野，在這兩種主張上，是很清楚的。有一點哈佛大學亦可以昭示我們的，即為哈佛大學的校訓[Veritas]，拉丁文Veritas就是真理。我們對於教育應該採取自由主義或干涉主義，對於科學注重純粹抑注重應用，尚有爭論的餘地，而我們大家應該一致研究真理，擁護真理，則是無疑義的。”如果説在國難當頭，他認為這種“黨治”還情有可原甚至有一定必要性的話，那麼在抗戰勝利後，他認為大學就應實行民主管理。1945年9月他就發表了《戰後國家與學校諸問題》與《我國大學教育之前途》兩文，認為抗戰勝利，國難已靖，大學的辦學方針“應以理智為重，本校‘求是’校訓，亦即此意。近年官吏貪污，學風不良，非道德之咎，實社會有不合理之處，今後大學應行教授治校制，以符合民主之潮流。”他認為在戰時“國家至上，民族至上”是必須的，但他提醒人們深思，在戰爭結束後“我們的國策是人民至上，還是國家至上？”如果奉行國家至上，“大學如同車之有輪，機件之有螺釘。所以大學要標準化，課程要一律，思想要統制，大學教育要完全配合國家當時的需要，國家政策不斷改進，大學裏面造就人材目的也隨之以轉變”。如果是人民至上，“則大學盡可發揮其個性，學術研究盡可自由，私立公立大學盡可並存，只要不違背為人民求幸福的大前提。”他的結論是我們最高教育原則是民有、民治、民享的“三民主義”，所以“在這種以人民為前提原則之下，大學無疑的應具有學術自由的精神”；而大學最大的目標就是“蘄求真理”，探求真理就必須“鍛鍊思想”。（《竺可楨全集》第二卷，上海科技教育出版社2004年版，第370、637、636頁）
辦好大學當然是由許多條件決定的，但校長的辦學理念與操守，確是辦好大學的必要條件。試想，如果當年這些大學校長不是盡力保護學生，而是積極配合當局抓捕那些參加共産黨領導的學潮的學生或以各種名目，如“赤化分子”、“左派”等“整”那些有獨立思想的學生、將其打入另冊，這樣的大學能辦得好嗎？（雷頤）
