臺灣嘉南平原因為早期農業開發，因此埤塘、濕地相當普遍，成了水雉最喜歡棲息的場所。目前因為棲息地的破壞加上捕獵關係，水雉數量已經減少許多，不過在官田、柳營、下營和六甲一帶的埤池、菱角田以及稻田仍有水雉蹤跡。
在臺南官田有一處專為保育水雉的生態教育園區，目前規劃為生態教育和觀光遊憩功能，結合多樣水生植物以及水鳥生態，提供民眾觀賞水雉親近大自然的機會。根據園區官方數據顯示，截至2010年8月，園區內統計有44隻成鳥和99隻雛鳥。
