馬英九稱，“中華民國”政府在1992年即宣告對於大陸地區主張“憲法”上的主權，但是已經沒有實際上的治權。在“中華民國憲法”架構之下，兩岸關係並不是“國與國”的關係，而是一種特殊的關係，傳統國際公法的承認制度，不適用於兩岸關係，所以“我們無法也不會承認中國大陸的主權，但是我們不應也不會否認大陸當局在大陸有效實行治權的事實”。
馬英九又稱，“互不承認”、“互不否認”涵意，就是兩岸互不承認對方的“主權”，但互不否認對方的治權。兩岸雙方因為“主權”主張相互重疊，皆涵蓋彼此全部的領域，因此無法相互承認“主權”，但互不否認對方的治權，則是務實的承認現狀，“否則，兩岸如何談判，並且如何簽訂15項具有約束力的協議？”
他強調，唯有“互不否認”，才能夠繼續促進兩岸關係繼續保持和平發展。“互不承認”、“互不否認”，是對兩岸現狀最好的解釋，也是正視現實、擱置爭議、促進和平最好的方法。
