日本入侵臺灣，對中國來説是一次嚴重的邊疆危機。清政府開始認識到臺灣地位的重要性，把臺灣稱為“七省門戶”、“南北洋關鍵”，總理衙門也指出“經營臺灣實關係海防大局”。在日軍被驅出臺灣之後，朝廷詔命船政大臣沈葆楨籌劃臺灣善後。沈葆楨認為臺灣物産豐富，地位重要，易為外敵所垂涎，除須加強軍事防衛，亟待整理內政，開發經濟，以增強實力。他審時度勢，從添設郡縣，移駐巡撫，開山撫番，開禁招墾入手，對臺灣的軍事、政治、經濟、文化教育進行一系列整頓與改革。
他首先奏請朝廷將福建巡撫移防臺灣，總攬臺灣的軍民兩政，兼理學政。清政府採納了沈葆楨的建議，決定從1875年11月起福建巡撫冬春二季駐臺，夏秋二季駐福州，以為兼顧之計，並以此成定例。為加強對臺灣事務的掌控，1876年朝廷批准臺灣由一府四縣三廳增為二府八縣四廳。即增設臺北府(轄新設的淡水、新竹、宜蘭三個縣治)，形成臺南、臺北兩個重心。新設恒春、淡水、新竹、宜蘭四縣，合原來的臺灣、鳳山、嘉義、彰化四縣為八縣，增設雞籠、卑南、埔裏三廳，合原來的澎湖廳為四廳。這一行政制度的設立，不僅有利於臺灣防務，也有利於臺灣經濟開發，對臺灣近代化有極重要的意義。
為了促進臺灣發展，福建船政除了發展臺灣基礎經濟農業外，還興辦工廠，大力發展工商業，興辦學堂，加強教化，移風易俗，更新觀念，使臺灣在經濟、社會、文化等事業有了基礎性的發展。
一是興辦工廠，大力發展工商業。福建船政派人對臺灣北部進行全面勘察，採用西法開採雞籠附近老寮坑等處煤礦，這便是日後著名的八斗子煤礦。除致力掘煤外，還開採煤油，架設閩臺電線，這些工業的誕生，為臺灣的經濟發展作出了歷史性的貢獻。二是鋪建鐵路，發展交通。1877年，福建船政在臺灣修築了臺南鐵路，方便了交通，促進了交流。三是興辦學堂，加強教化。為改善臺灣特別是臺灣高山族同胞的文化狀況，福建船政大力興辦教育事業，在枋寮地方先建番塾一區，令各社均送番童三數人學語言文學。四是修建祠堂，鞏固民心。沈葆楨奏請朝廷，在臺灣府城(臺南)建延平郡王祠，追謚“忠節”，從此確定了鄭成功應有的歷史地位，既收復民心，又振作忠義。以上這些措施有效地促進了臺灣經濟的全面發展，大大改善了臺灣人民特別是番民的生活，臺灣社會正式進入了近代化進程。
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