通知規定，自２００７年５月１日起，對海峽兩岸船運公司從事福建沿海與金門、馬祖、澎湖海上直航業務在大陸取得的運輸收入，免征營業稅。享受營業稅免稅政策的納稅人應按照現行營業稅政策的有關規定，單獨核算其免稅業務收入；未單獨核算的，不得享受免征營業稅政策。

　　船運公司在２００７年５月１日之後已繳納的應予免征的營業稅，可以從以後應繳的營業稅稅款中抵減，年度內抵減不完的可予以退稅。

　　通知還規定，自２００７年５月１日起，對船運公司從事上述業務取得的所得，免征企業所得稅。享受企業所得稅免稅政策的納稅人應按照現行企業所得稅政策的有關規定，單獨核算從事上述業務在大陸取得的收入、成本；未單獨核算的，不得享受免征企業所得稅政策。

　　據介紹，該通知是對前不久《國家稅務總局關於海峽西岸經濟區發展有關稅收政策問題的意見》的進一步明確，是國家支援海峽西岸經濟區發展的重要稅收政策之一。

　　近年來，福建沿海與金門、馬祖、澎湖地區直接往來已開通３條定期客運航線、１２條不定期貨運航線。截至今年６月，“兩門”（廈門－金門）、“兩馬”（馬尾－馬祖）、“泉金”（泉州－金門）航線累計運送旅客超過２００萬人次，成為兩岸人員往來的便捷通道。