“由隱名投資引發的經營權糾紛已不僅僅是經濟問題了，不少刑事案件都是因此而起的。”葉春榮如此形容臺商通過大陸代理人進行隱名投資的風險，“如果投資成功的話，臺商怕代理投資人搞怪；如果失敗的話，代理投資人又怕臺商跑路。不管成功或失敗，都會出事。”
東莞市臺灣事務局副局長陳錫輝認為，有少數臺商是主動“隱名投資”，目的是規避大陸法律對臺胞的投資領域和投資形式的限制。然而，在這種投資形式下，實際出資人與公司顯名股東不一致，給甄別臺資並實施鼓勵政策增加了難度，更糟糕的是，埋下了較多的糾紛隱患。
在廣東各地的司法實踐中，臺商隱名開辦個體工商戶和個人獨資企業引發的糾紛主要有兩類：一是隱名投資人與顯名投資人之間的糾紛。臺商作為隱名投資人投資時，一般都會與顯名投資人簽訂合夥合同或委託合同，就雙方權利義務作出約定。當雙方就投資收益分配或投資款返還發生爭議時，作為隱名投資人的臺商往往會訴諸法院，要求顯名投資人履行約定的合同義務。然而，司法實踐中，該類合同通常得不到法院認可。二是個體工商戶或個人獨資企業與第三人之間的糾紛。臺商以大陸居民名義開辦個體工商戶或個人獨資企業與他人發生債務糾紛時，臺商是否承擔責任成為司法實踐中的難題。
此外，臺商隱名在大陸與他人合夥經營或開辦合夥企業發生糾紛後，臺商要求司法確認其為合法的合夥人或要求合夥人返還投資款。還有借款合同糾紛、隱名投資人要求返還投資款糾紛、確認合法股東身份，獲得與顯名股東一樣的地位和權益等糾紛。
江淩表示，由於大陸法律對隱名投資並未有明確的規定，當臺商發生隱名投資糾紛時，其權益往往難以得到保障。
臺商希望完善法律法規
在廣州、深圳、東莞三地的臺商建議，從立法層面擴大臺灣居民在大陸投資的形式，借鑒國家工商行政管理總局制定的《港澳居民在內地申辦個體工商戶登記管理工作的若干意見》的做法，允許臺灣居民在大陸申辦個體工商戶，無需經過主管部門審批，但對其經營範圍要進行限制。
