根據大陸“海峽兩岸關係協會”與臺灣“海峽交流基金會”4月26日簽署的《海峽兩岸空運補充協議》以及民航局6月30日下發的《關於海峽兩岸航空運輸大陸航空公司航線航班分配情況的通告》，南航計劃自8月31日起開通廣州、深圳、上海浦東、鄭州、桂林、武漢、長沙、海口、貴陽、哈爾濱、瀋陽、大連、廈門至臺北桃園13條定期航線，屆時南航飛往臺北的定期航班將達到每週27班，具體班期及時刻如下（2009年夏秋季執行計劃）：
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序號 |
班机編號 |
航線 |
起降時刻 |
班期 |
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1 |
CZ3097/8 |
廣州臺北廣州 |
廣州1130 1330台北桃園1430 1630廣州 |
每日 |
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2 |
CZ3087/8 |
深圳臺北深圳 |
深圳1130 1310台北桃園1410 1600深圳 |
周46 |
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3 |
CZ3095/6 |
上海臺北上海 |
上海浦東1230 1400台北桃園1505 1640上海浦東 |
周13567 |
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4 |
CZ3023/4 |
鄭州臺北鄭州 |
鄭州0900 1130台北桃園1230 1510鄭州 |
周5 |
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5 |
CZ3019/20 |
桂林臺北桂林 |
桂林1450 1650台北桃園1750 2005桂林 |
周1 |
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6 |
CZ3015/6 |
武漢臺北武漢 |
武漢1410 1630台北桃園1730 1950武漢 |
周25 |
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7 |
CZ3017/8 |
長沙臺北長沙 |
長沙1215 1435台北桃園1535 1745長沙 |
周15 |
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8 |
CZ3025/6 |
海口臺北海口 |
海口1500 1700台北桃園1800 2000海口 |
周3 |
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9 |
CZ3021/2 |
貴陽臺北貴陽 |
貴陽0800 1030台北桃園1130 1355貴陽 |
周1 |
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10 |
CZ3009/10 |
哈爾濱臺北哈爾濱 |
哈爾濱0900 1300台北桃園1400 1750哈爾濱 |
周2 |
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11 |
CZ3011/12 |
瀋陽臺北瀋陽 |
瀋陽1400 1740台北桃園1840 2220瀋陽 |
周14 |
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12 |
CZ3013/4 |
大連臺北大連 |
大連1200 1520台北桃園1610 1910大連 |
周3 |
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13 |
CZ3039/40 |
廈門臺北廈門 |
廈門1000 1130台北桃園1230 1400廈門 |
周6 | |
上述航線中飛行時間最長的為瀋陽臺北航線，單程飛行時間3小時40分，飛行時間最短的為上海臺北航線和廈門臺北航線，單程飛行時間分別為1小時30分鐘。
