第一章 總則
第一條為了規範海關對平潭綜合實驗區（以下簡稱平潭）的管理，根據《中華人民共和國海關法》和其他有關法律、行政法規，制定本辦法。
第二條海關對經平潭進出境、進出平潭的運輸工具、貨物、物品以及平潭內海關註冊登記企業、場所等進行監管和檢查適用本辦法。
第三條平潭與境外之間的口岸設定為“一線”管理；平潭與中華人民共和國關境內的其他地區（以下稱區外）聯接的通道設定為“二線”管理。海關按照“一線放寬、二線管住、人貨分離、分類管理”的原則實行分線管理。
第四條平潭應當設立符合海關監管要求的環島巡查、監控設施和海關資訊化管理平臺：“一線”、“二線”海關監管區和平潭內海關監管場所應當設立符合海關監管要求的設施、設備、場地等。經海關總署驗收合格後，平潭方可開展相關業務。
第五條在平潭內從事進出口業務，享受保稅、減免稅、入區退稅政策以及與之相關的倉儲物流和從事報關業務的企業和單位（以下簡稱企業），應當向海關辦理註冊登記手續。
企業應當依法設置符合海關監管要求的賬簿、報表等，並接受海關稽查。
企業應當建立符合海關監管要求的電腦管理系統，與海關實行電子電腦聯網和進行電子數據交換。
第六條除法律、行政法規、規章另有規定外，海關對進出平潭以及在平潭記憶體儲的保稅貨物、與生産有關的免稅貨物以及從區外進入平潭並享受人區退稅政策的貨物（以下簡稱退稅貨物）實行電子賬冊管理。
第七條海關對平潭內設立的臺灣小商品交易市場實行監管，具體管理辦法由海關總署另行制定。
第八條法律、行政法規、規章禁止進境的貨物、物品不得從“一線”進入平潭，法律、行政法規、規章禁止出境的貨物不得從“二線”以報關方式進入平潭。
平潭內企業不得開展列入《加工貿易禁止類商品目錄》商品的加工貿易業務。
第二章 對平潭與境外之間進出貨物的監管
第九條除法律、行政法規、規章另有規定外，海關對平潭與境外之間進出的保稅貨物、與生産有關的免稅貨物及退稅貨物實行備案管理，對平潭與境外之間進出的其他貨物按照進出口貨物的有關規定辦理報關手續。
第十條除下列貨物外，海關對從境外進入平潭與生産有關的貨物實行保稅或者免稅管理：
（一）生活消費類、商業性房地産開發項目等進口貨物；
（二）法律、行政法規和規章明確不予保稅或免稅的貨物；
（三）列入財政部、稅務總局、海關總署會同有關部門制定的“一線”不予保稅、免稅的具體貨物清單的貨物。
第十一條除法律、行政法規和規章另有規定外，從境外進入平潭的實行備案管理的貨物，不實行進口配額、許可證件管理。
從平潭運往境外的貨物，實行出口配額、許可證件管理。
第三章 對平潭與區外之間進出貨物的監管
第十二條平潭內保稅、減免稅、退稅貨物銷往區外，應當按照進口貨物有關規定辦理報關手續；從區外銷往平潭的退稅貨物，應當按照出口貨物的有關規定辦理報關手續。上述貨物應當經海關指定的申報通道進出平潭；辦理相關海關手續後，上述貨物可以辦理集中申報，但不得跨月、跨年申報。
其他貨物經由海關指定的無申報通道進出平潭，海關可以實施查驗。
平潭內未辦結海關手續的海關監管貨物需要轉入區外其他監管場所的，一律按照轉關運輸的規定辦理海關申報手續。
第十三條區外與生産有關的貨物銷往平潭視同出口，海關按規定實行退稅，但下列貨物除外：
（一）生活消費類、商業性房地産開發項目等採購的區外貨物；
（二）法律、行政法規和規章明確不予退稅的貨物；
（三）列入財政部、稅務總局、海關總署會同有關部門制定的“二線”不予退稅的具體貨物清單的貨物。
入區退稅貨物應當存放在經海關認可的地點。
