根據12日公佈的國家發展和改革委員會等部門文件，為確保基本藥物制度順利實施，促進基層醫療衛生機構建立新的運作機制和持續健康發展，我國將用2年左右時間全面完成基層醫療衛生機構長期債務的清理化解工作。
根據中國政府網公佈的發展改革委、財政部和衛生部制定的《關於清理化解基層醫療衛生機構債務意見的通知》，隨著基本藥物制度在基層全面實施，“以藥補醫”機制逐步扭轉，基層醫療衛生機構以往形成的債務問題進一步顯現，影響到基層醫療衛生機構正常運作。
根據深化醫藥衛生體制改革和清理化解鄉村債務工作的有關要求，各省（區、市）要按照“制止新債、鎖定舊債、明確責任、分類處理、逐步化解”的總體要求，在嚴格制止發生新債的基礎上，用2年左右時間全面完成基層醫療衛生機構長期債務的清理化解工作。
衛生部全國衛生財務年報數據顯示，截止到2010年底，鄉鎮衛生院和社區衛生服務機構長期負債分別為55億元和3.5億元。
《通知》確定了清理化解基層醫療衛生機構債務的基本原則，即誰舉債誰負責，先清理後化解，先承諾後補助，要求各 省（區、市）人民政府對本省（區、市）基層醫療衛生機構債務清理化解工作負總責，縣級人民政府具體實施。中央財政按照重點支援中西部地區、適當兼顧東部地區的原則，對地方債務清理化解予以適當補助。
《通知》要求在全面摸清基層醫療衛生機構債務底數的基礎上鎖定債務，由各地結合實際情況確定化債的先後順序，逐步化解。
《通知》還就債務化解範圍、償債資金來源等問題作了規定，並要求今年年底前完成債務認定工作，將認定的債務從基層醫療衛生機構剝離給當地政府；當地政府要按債務協議，如期償還結清各項債務。
《通知》指出，對違反規定搞建設、上項目、借新債的基層醫療衛生機構和部門，視情節輕重和數額大小，依法依規追究有關單位負責人和相關人員的行政責任。對虛報冒領、截留挪用、套取補助資金及造成資金損失的，除追回補助資金外，還要按照有關規定追究直接責任人和有關負責人的責任；涉嫌違法犯罪的，移交司法機關處理。
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