一、“八八水災”重創臺灣,劉兆玄率行政團隊總辭
二00九年八月六日至八月十日,颱風莫拉克侵襲臺灣。據不完全統計,臺灣在“八八水災”中死亡、失蹤人數超過七百多人,經濟損失達一千多億新台幣。由於災情慘重,引發民怨,以劉兆玄為首的行政團隊更被批評救災不力,引發改組聲浪。九月七日,臺行政機構負責人劉兆玄宣佈請辭獲准。九月十日,劉兆玄率領行政團隊總辭。同一天,以吳敦義為負責人、朱立倫為副職負責人的臺灣新一屆行政團隊宣誓就職。這是馬英九上任以來,臺當局最大的一次人事變動。
二、臺灣縣市改制升格定案,地方政治生態重組
二00九年六月二十三日,臺灣部分縣市改制“升格”方案出爐。臺內政部門召開縣市改制升格審查會,一致同意臺北縣、臺中市、縣及高雄市、縣升格為“直轄市”。隨後,七月一日,臺當局行政機構宣佈,臺南市、縣合併改制案也獲通過。改制升格後的五個“直轄市”市長將於二0一0年底進行選舉。
三、馬英九就任中國國民黨主席,力推“以黨輔政”
二00九年十月十七日,中國國民黨召開第十八次全代會,馬英九正式接任國民黨主席。個人身份方面實現“黨政合一”的馬英九提出“黨優政強”的口號,在黨內展開一系列改革;隨後針對兩位新科中常委爆出的賄選事件,迅速祭出黨紀處分,取消其中常委資格,創造了國民黨黨內選舉史上賄選開鍘首例。
四、臺灣“三合一”選舉投開票結果呈現“藍消綠長”
二00九年十二月五日,臺灣新一屆縣市長、縣市“議員”、以及鄉鎮市長“三合一”選舉結果揭曉,在十七個縣市長選舉中,民進黨在原本執政的三個縣市的基礎上,又增一席。而國民黨未能守住原本執政的花蓮縣,以及頗具指標意義的宜蘭縣。
五、馬當局進口美國帶骨牛肉和牛絞肉引發強烈反彈
二00九年十月二十三日,根據臺美相關單位在華盛頓簽署的“美國牛肉輸臺議定書”,臺衛生主管部門宣佈放寬美國牛肉進口。此舉在島內引發強烈爭議,不僅民進黨大加撻伐,一些藍營執政的縣市也發起組成“拒吃美國牛內臟絞肉脊髓聯盟”。而當局在美國牛肉具體進口部位上的説辭反覆,前後標準不一,更讓馬團隊繼“八八水災”之後,再次遭遇信任危機。此後,臺立法機構藍綠陣營達成共識,通過相關法案禁止美國牛肉高風險部位進口,美國方面為此發表措辭強烈的聲明。由此所謂“臺美關係”受到新一輪考驗。
六、甲型H1N1流感疫情在臺蔓延,臺各有關部門嚴格防堵
二00九年甲型H1N1流感席捲全球。五月二十日,臺灣“流行疫情指揮中心”宣佈出現首例甲型H1N1流感確定病例。隨後在八、九月間,臺灣甲型H1N1流感感染人數暴增至數萬人,一度引發民眾的恐慌。十一月一日,臺衛生主管部門率先開始給“八八水災”的受災民眾接種甲型H1N1流感疫苗,此後,又陸續在臺灣的中小學校及公務人員中施打疫苗,到十二月下旬,臺灣甲型H1N1流感疫苗接種人次已經超過四百六十萬。但是在施打疫苗的過程中,發生數起民眾接種後死亡的事件,引發島內民眾對疫苗安全性的質疑。
七、第三次和第四次兩岸兩會領導人舉行會談並簽署多項協議
二00九年四月二十六日,第三次兩岸兩會領導人會談在南京舉行,簽署《海峽兩岸金融合作協議》、《海峽兩岸空運補充協議》、《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議》等三項協議,就大陸資本赴臺投資達成共識。十二月二十二日,第四次兩岸兩會領導人會談在臺灣臺中市舉行,就兩岸漁船船員勞務合作、兩岸農産品檢疫檢驗合作及兩岸標準計量檢驗認證合作等議題簽署協議。此外會談還確定了第五次會談將於二0一0年上半年在大陸舉行。
八、高雄世運會、臺北聽障奧運會順利舉辦
二00九年七月十六日至七月二十六日,高雄市舉辦第八屆世界運動會。這是臺灣地區首次成功舉辦的國際性綜合運動會。九月五日至九月十五日,第二十一屆聽障奧運會在臺北舉行。這兩項國際性綜合體育賽事,激發了臺灣民眾的參與熱情,成為二00九年臺灣體育盛事。
九、臺職業棒球聯賽爆出假球醜聞
二00九年十月二十六日,臺灣職業棒球聯賽驚傳假球、賭球大醜聞。臺檢方收押了多名涉嫌賭球案的黑道分子和前職棒投球手及教練員,並搜查“中華職棒”等三家球會,涉案球員中不乏一些明星級球員。
十、扁家弊案一審,陳水扁夫婦被判無期徒刑
二00九年九月十一日,被臺灣民眾稱為“世紀大審”的扁家四大弊案一審宣判,陳水扁夫婦均被判無期徒刑,遭褫奪公權終身,兩人合併罰金達5億元新台幣。陳水扁成為臺灣第一位被判刑的卸任最高領導人。