諸多代表委員都認同，加強改革“頂層設計”是現階段中國解決錯綜複雜矛盾的重要路徑。一些根深蒂固的問題，必須通過自上而下的措施才能解決。
比如，消除對GDP的盲目崇拜，必須通過完善官員考核體系來完成；面對貧富差距的加大，必須從國家層面改革分配製度；解決民營經濟發展的“玻璃門”“彈簧門”問題，則需要政府從戰略層面破除制約民企發展的現實瓶頸；對於房價暴漲以及隨之而來的暴力拆遷等民怨集中的問題，則需要綜合利用經濟和社會手段加以解決。
程恩富説，經濟騰飛之後，給中國留下了改革“深水區”的“硬核”問題，原因在於很多重要領域的改革始終沒有到位，使得低收入階層未能充分分享中國改革開放30年累積的成果。“這一切都有待更廣闊領域、全面配套的社會改革來解決”。
“為什麼有的地方對保障房建設積極性不高，這與對土地財政的依賴有關係；為什麼有的民生工程上面撥款了，而基層配套卻缺乏熱情，這與傳統的財稅體制相關聯。”全國政協委員、江蘇省政府參事室主任宋林飛説，“追根溯源，問題都出在根子上。”
中國新五年規劃草案的主要執筆者之一、中央財經領導小組辦公室副主任劉鶴此前接受媒體採訪時曾解釋説，“頂層設計”指的是主體結構和主要模式。在過去的發展模式不可持續和面臨各種各樣新的重大改革議題條件下，轉變經濟發展方式，就要經濟、社會、政治體制改革穩步協調推進。在這種情況下，必須有一個頂層設計，包括主要目標以及先後順序。
兩會上，代表和委員們極為關心的是，“頂層設計”如何從一個政治新名詞變成滲透到各個領域中的實際行動，“更重要的問題是頂層設計如何變成基層動力。”葉小文説。
