從自然資源看，菏澤有牡丹、黃河、地熱和廣闊的平原農業種植區。這裡的牡丹栽培歷史悠久，最早可追溯到隋唐時期。從明朝以來，一直是國內重要的牡丹栽培、觀賞基地，被稱為"牡丹之鄉"。
到目前，菏澤栽培面積已達到2000公頃，600多個品種。曾多次在國內外重大花卉展評中獲獎，在99年昆明世博會設立的110項牡丹花卉單項獎中，菏澤牡丹一舉奪得81個獎項，顯示了"菏澤牡丹甲天下"的實力。每年牡丹花開時節，近百萬國內外遊客雲集，人海如潮，唐朝詩人白居易的詩句"花開花落二十日，一城之人皆若狂"是對這一場景的真實寫照。菏澤牡丹不僅供觀賞，還是重要的經濟作物，多年來，牡丹苗木和冬季催花牡丹一直行銷北京、上海、天津、廣州等國內100多個大中城市，同時出口美國、日本、法國等20多個國家，年銷量約為60萬株。
中華民族的母親河-黃河，流經市內四個縣區，境內全長157公里。整個河段上寬下窄，最寬處20公里，最窄處5公里。沿大堤兩岸種植了成材林，形成了一條綠色長廊。黃河沿岸還有孫臏旅遊城、劉鄧大軍渡河處等景點。黃河故道在菏澤的南邊界，境內全長140公里，穿越市內3個縣，總面積2431.87平方公里，林場、果園、水庫星羅棋佈，玫瑰、荷花等花卉眾多，環境優雅，有較高的開發價值。
菏澤還有豐富的地熱資源，據地礦部門初步勘測，全市範圍內均有地熱。近幾年，鄄城縣、牡丹區 、曹縣成功地打出了地熱井，出口水溫都在55度以上，水質優良，有很高的醫療價值，是開發溫泉療養的重要資源。
