6月14日，兩岸就客運包機節日化和開辦專案包機的技術性、業務性問題達成共識，做出框架性安排。共識的主要內容有兩項：一是客運包機機制化。兩岸客運包機從原來的春節包機，擴大到清明、端午、中秋、春節四個主要民族傳統節日，相關安排比照2006年兩岸春節包機作業方式進行。二是專案包機。這一安排是考慮到目前兩岸存在緊急醫療救援、殘疾人往來以及其他特殊要求等實際情況，本著“以人為本，政策開放，個案處理，方便操作”的原則，開放兩岸緊急醫療包機、特定人道包機、項目貨運包機等特殊要求的項目包機的申請。

　　7月20日零時33分，臺灣“中華航空公司” CI6901航班飛抵上海浦東機場，完成了兩岸專案貨運包機的首航。該專案貨機的航線，與此前兩岸春節客運包機的航線相一致，由於仍需繞道飛經香港航管區上空，因此尚非真正意義上的兩岸直航。

　　業內人士分析，兩岸貨運包機的實現，一定程度上能夠滿足臺商特別是高科技廠商在大陸投資的實際需求，有利於提升這些企業在國際市場上的競爭力。與此同時，這也是繼2003年以來的3次兩岸春節客運包機後，兩岸民航交流與合作邁出的新的一步。

　　繼兩岸專案貨運包機實現首航之後，9月14日傍晚，海航集團屬下的金鹿公務機公司從北京調機到廣州，下午將72歲的臺灣患者陳宗耀從廣州載回臺灣，開啟首例海峽兩岸急救專案包機直航業務。

　　近年來，兩岸間的急救轉運需求不斷增加，僅從2005年7月至2006年6月，國際SOS就處理了638例從大陸轉運到臺灣的醫療案例。然而這些病人都是從祖國大陸用包機運至香港再換乘飛機到臺灣，架設一條兩岸急救直航信道非常必要，這次首例大陸急救包機直航臺灣終於使這條直航信道得以建立。

　　雖然兩岸就客運包機節日化和開辦專案包機的技術性、業務性問題達成共識，做出框架性安排。但海峽兩岸航空運輸交流委員會主任浦照洲表示，這次雙方達成的共識仍屬局部安排，距兩岸同胞特別是廣大臺灣同胞的要求還相差甚遠，希望臺灣當局能夠信守承諾，儘快同意兩岸民航業者，按照2005年兩岸春節包機澳門協商的方式，就客運包機的週末化、常態化和貨運包機的便捷化進行協商，達成共識，做出安排，早日實施，以真正滿足兩岸同胞的迫切需求。