據新加坡《聯合早報》27日報道，分析員指出，埃及穆斯林兄弟會候選人穆爾西當選總統之後，穆兄會與埃及軍方的長期對抗將進入新的階段，這次將是在政府體制內抗爭，可以預見的是，伊斯蘭教派將被迫做出更多妥協。
自前總統穆巴拉克在16個月前下臺以來，穆爾西是上臺的第一位民選和沒有軍事背景的總統。不過，由於軍方之前已通過一系列手段架空了總統的許多權力，他肯定不會是個擁有實權的總統。
路透社分析指出，穆爾西將無法改變現狀。他在競選中許下的一些承諾如實行伊斯蘭教法，將在政治現實中被迫束之高閣。而穆爾西雖將組織自己的總統行政團隊和委任新總理與新政府，但他沒有國會可以立法通過他所要推動的一些計劃。
埃及軍方早在第二輪總統選舉投票一結束，就立即頒布臨時憲法，讓軍方將領牢牢控制國家大權，擁有立法權同時掌控國家預算。
分析員認為，穆爾西的盤算是先站穩腳跟，爾後在內部慢慢累積實力，再圖壓倒軍方，但這個如意算盤恐怕敲不響。擺在穆爾西面前的是問題眾多、分崩離析局勢動蕩的殘局。
埃及所面對的種種問題如果仍舊無法獲得解決，總統與文官政府將首當其衝受到責難，反觀軍人理事會可隔岸觀火置身事外。
駐開羅的一名西方外交官説，穆兄會得接受現實，他們如今所獲得的，是一年半前所想像不到的，“即使總統權位是不完美的，但總好過沒有。”
一般認為，儘管面對軍方的制肋，穆兄會在高調抗爭的同時，也不得不私底下向軍方作出妥協。穆兄會一名高級成員透露，穆爾西和他的團隊已同軍方商討讓民選國會恢復運作和其他課題。
卡達多哈的布魯金斯中心研究主任哈米德説，“雙方必然會進行一些交易，武裝部隊最高委員會有的是坦克和槍炮，穆兄會清楚得很，雙方必會有些暫時性分享權力的協議，彼此必須互有退讓。”
《紐約時報》分析稱，穆爾西首次公開演説便對軍方讚不絕口，還説他“心中對軍人的敬愛，也許只有上帝知道”，這顯示穆爾西意識到自己扮演的角色已經改變，不再是一個被封禁的伊斯蘭教運動的代表，而是一國領袖，也是同軍方將領討價還價的首席談判代表。
穆爾西必須説服埃及民眾，他代表的是國家和全民的利益，不是代表穆兄會的狹隘利益。但不管是穆兄會陣營還是分析家和學者都不看好穆爾西能夠辦到，因為他既不是穆兄會當初的首選候選人，其崛起過程乃機緣巧合，也被視為能力平庸和缺乏領袖魅力，恐怕難以應付埃及當前的眾多挑戰。
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