在反抗巴列維的鬥爭中，MEK與霍梅尼領導的什葉派宗教組織一度結盟。可是當1979年伊朗伊斯蘭革命勝利，霍梅尼掌握政權後，數千名MEK成員被捕和被殺。1981年6月20日，MEK舉行示威，卻遭到嚴厲鎮壓。同年6月28日，一顆炸彈在伊朗政府大樓門口引爆，導致70名高級官員遇難。8月30日，伊朗新當選總統拉賈伊和總理巴霍納爾也被炸身亡，MEK成員克什米裏被證實是爆炸案主犯。
隨著兩伊戰爭的爆發，霍梅尼把注意力轉到同薩達姆作戰，邊界管制鬆懈，MEK骨幹成員紛紛流亡法國，這使得伊朗和法國關係惡化。1986年，法國總理希拉克同伊朗做了一筆交易——德黑蘭幫助被黎巴嫩真主黨扣押的法國人質獲釋，希拉克則迫使MEK總部遷出法國。隨後，MEK于1986年將總部遷往伊拉克，得到薩達姆的庇護。
據美國國務院的文件顯示，直到2003年薩達姆倒臺前，MEK一直都接受伊拉克的財政和軍事援助。到1988年兩伊戰爭即將結束之際，MEK已擁有7000名武裝人員，自稱是“伊朗民族解放軍”(NLA)，武器由伊拉克提供。
美軍走了，他們怎麼辦？
兩伊戰爭結束後，MEK繼續與薩達姆合作。1991年海灣戰爭結束後，薩達姆政權被嚴重削弱，伊拉克國內的庫爾德人和什葉派趁機起事，MEK協助伊拉克共和國衛隊進行鎮壓。20世紀90年代，MEK成員多次滲透到伊朗境內實施暗殺，許多伊朗官員被害，其中包括陸軍准將阿裏 薩亞德 希拉茲。
2003年英美聯軍攻入伊拉克後，MEK的阿什拉伕營地也遭到轟炸，華盛頓認為該組織是薩達姆的重要支柱。4月15日，美軍同MEK達成停火協定：MEK放下武器，美軍不將他們遣返伊朗，允許他們自主管理營地，併為其提供後勤支援。隨後，3800名MEK戰鬥人員投降，美軍繳獲2000余件武器(包括19輛坦克)。這件事引起美國輿論譁然，因為MEK早就被美國政府認定為“恐怖組織”，而美軍同“恐怖組織”握手言歡更讓人不齒。
其實美軍收留MEK是有企圖的，MEK將伊朗核計劃細節透露給美軍，並警告説伊朗正加快研製核武器。鋻於MEK的威脅，伊朗曾想同美國達成妥協，即伊朗撤消對哈馬斯和真主黨的支援，並向西方國家開放核設施，以換取美軍取締MEK，但這一談判最終未果。
隨著伊拉克政權逐漸被親伊朗的什葉派勢力控制，MEK在伊拉克的日子也開始不好過了。2009年元旦，美軍將阿什拉伕營地管理權移交給伊拉克政府，就在同一天，伊拉克總理馬利基宣佈不允許MEK利用伊拉克土地從事反伊朗活動。1月23日，伊拉克國家安全顧問魯巴伊訪問德黑蘭，重申了馬利基總理的態度。7月29日，伊拉克軍隊向迪亞拉省的MEK成員開火，8名MEK成員被打死，由於美軍干預，才使MEK武裝免於被圍殲。事實上，美國很清楚，MEK的目標是推翻伊朗現政權，美國需要這樣的同盟者。(王環)
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