《法治週末》質疑《科學地解決道德難題》的主要內容與美國《科學》雜誌上Greene等人的論文部分內容一致。方舟子介紹,他2001年就對這一指控進行反駁。記者查到他2006年5月的一篇博文説:“這個指控被《科學》編輯部所否定(理由就是第一,我説明瞭是他人的工作,第二,我是用自己的語言做的復述)”。
方舟子對羊城晚報記者説,他寫的這三篇都是科普文章,科普文章本來就是普及科學知識,展示科學界的成果,但哪怕按美國的做法,都是不用很嚴格地註明出處的。所以,按照論文的標準去要求科普文章是荒謬的,兩者適用兩個不同標準。
方舟子3月30日還發表博文説,《法治週末》稱其母校美國密歇根州立大學 的羅伯特 魯特伯恩斯坦“確認了方舟子《科學是什麼》一文抄襲了他已經發表的文章”,這是造謠,因為該教授已轉來信件,明確指出他從來沒有認定過方抄襲其文章。