國家衛生部、國家中醫藥管理局六月二日就辦理臺灣地區醫師申請大陸《醫師資格證書》有關事宜發出通知，規定臺灣醫務管理學會作為在臺的唯一代理機構，負責接收臺灣醫師遞交的各項申請材料，並提供有關申辦諮詢和指導服務。
通知稱，臺灣醫務管理學會對材料進行初步審核認證後出具推薦函，連同所有申請材料寄送至臺灣醫師擬申請大陸所在地的省級衛生行政部門。相關省級衛生行政部門收到材料按程式審核後，將大陸《醫師資格證書》寄送回臺灣醫務管理學會。
各省級衛生行政部門將只接收由臺灣醫務管理學會轉交的申請材料，不再受理個人或其他機構提交的申請。臺灣醫師取得大陸醫師資格後，在大陸行醫期間發生醫療糾紛等問題，各省級衛生行政部門可請臺灣醫務管理學會提供諮詢、協商、調查等方面的協助。
