當年臺大畢業、投筆從戎的臺灣陸軍前上校陳憲良，受林毅夫案波及，軍旅不順遂。圖片來源：臺灣《聯合報》
據臺灣《聯合報》報道，臺灣軍方人士指，當年林毅夫離臺後，軍方明知實情仍以失蹤結案，並於一年後宣告死亡，還依法發放撫恤金給他的家屬。報道稱，林毅夫的同袍（升遷受阻，長官在軍中發展前途各異。
據指出，除了林毅夫，多年前以上校階級退伍、且一樣是臺大學生轉考陸軍官校的陳憲良表面上雖然沒有受到影響，但他卻被臺灣軍方暗中列為“重點考管人員”，表面上升遷與一般軍官沒有不同，但只要有機會擔任機敏職務或是參加受訓，常有無形的阻礙。
儘管沒有處分，但林毅夫當年軍中長官的發展因人而異，他的營長侯金生於案發後三個月退伍，理由是生涯規劃；旅長薄榮萍宦途在往後幾年離開臺灣陸軍，轉往臺灣警備總部體系發展，以中將階級退役；師長周仲南反倒是一路歷任“總統府侍衛長”、“憲兵”司令與警備總司令，以二級上將階級退役。
