蔡英文的這一有悖常理的動作，顯出其要與陳水扁疏遠的痕跡，十分明顯。實際上，柯建銘既然能連續出任多次黨團總召，就已證明他對黨內外的協調能力甚強，這本是在民進黨雖然已經通過解散派系的決議，但各老的派系仍然暗中活動，並已又産生了新的派系“扁係”、“蘇係”、“謝係”和“英係”，各派系都在對新任黨主席以至是2016年的“大選”參選人虎視眈眈，必須有一位協調能力較強的黨主席縱橫捭闔、穩定大局之下，蔡英文竟然放棄最能承擔此職能，但卻是陳水扁最信任的柯建銘，轉而力挺被陳致中痛斥為“忘恩負義”的陳菊，這本身就似是顯示，蔡英文不再奉“扁係”為旨，至少是不再聽陳水扁在獄中發號施令的“這支笛”了。
實際上，陳菊是在派系屬性上，是“新潮流係”的元老級流員。在她參選高雄市長時，“新係”中青代骨幹幾乎傾巢南下為她助選，並採用了“邱義仁式”的戰法，搞了個“走路工事件”，而扭轉劣勢，以些微優勢氣走了國民黨候選人黃俊英。陳菊當選後，又委任了大批“新係”成員作其市政團隊成員，從副市長(劉世芳)、市政府顧問到局處長，都處處可見“新影幢幢”。可以説，高雄市“政府”已是“新係”的大本營之一。
更重要的是，如同“新係”猛烈批判陳水扁貪腐案，及主張兩岸經貿交流一樣，陳菊也是對陳水扁的貪腐行為不假辭色。當然，蔡英文找陳菊出任代理黨主席，與陳菊的“批扁”立場，或許只是巧合；但她拒絕按慣例由柯建銘代理黨主席，卻就不尋常了。因為柯建銘不但是陳水扁最信任的人，而且向來也是陳水扁與民進黨“立法院”黨團以至是中常委之間的傳情達意者。陳水扁入獄後，更是陳水扁與外間聯繫的主要渠道之一，因而被視為“扁係”主要幹將。而蔡英文阻擋黨內盛傳的柯建銘循慣例代理黨主席，其要在自己離開黨中央之前，阻斷陳水扁繼續對民進黨發號施令的渠道的用心，也就昭然欲揭。
