據臺灣《中國時報》報道，歷經行前一波三折，臺灣地區調查小組昨(30日)晚在詢問涉嫌下令開槍掃射“廣大興28號”的菲律賓海巡署指揮官後，跨海調查任務結束。
臺灣地區調查團成功帶回關鍵事發錄影帶、航程記錄器(VDR)資料、兇嫌筆錄等重要證物，行前提出的10項司法互助請求一一達成。屏東檢方將依據雙方調查資料，追訴開槍兇嫌的刑事責任。
臺灣地區的11人調查小組，4天以來在菲律賓國家調查局(NBI)的全力配合調查之下，順利地完成任務。帶隊的屏東檢方主任檢察官林彥良表示，菲方的態度開誠佈公，肯定此次合作調查成效。
由於雙方簽有保密協定，臺灣調查小組擔心橫生枝節導致合作再度夭折，此行口風甚緊，只由“駐菲律賓臺北經濟文化辦事處”發表簡陋新聞稿。調查小組擔心遭媒體包圍動輒得咎，4天下來都靠外賣果腹不敢外出用餐，全心投入調查工作。
臺方行前向菲方提出登船、驗槍、檢視事發錄影帶、協助訊問涉案人員、檢視筆錄、安全維護與航程記錄等10項司法互助請求。調查小組抵菲首日即在NBI就公務船上8把M16步槍、6把M14步槍與30機槍進行彈道測試，取回75顆彈頭，並取得涉案官兵與目擊者筆錄。
翌日，調查小組勘驗關鍵事發錄影帶，歷時約1小時；午後隨即轉往馬尼拉碼頭，登船勘驗菲國漁業署公務船MCS-3001，並登上小艇勘驗船身，成功發現右側有擦撞痕跡，當場拍照攝影存證，並刮下部分船漆以備比對。
調查小組前日詢問菲國農業部漁業局(BFAR)3名公務員與未開槍的8名海巡官員作證，同日取得事發錄影帶備份。
接下來，調查小組續詢問包括指揮官在內的9名海巡官員，另詢問1名BFAR證人，也取得VDR、肇事公務船原始油漆樣本，跨海取證工作大功告成，預定今日返回臺灣地區。
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