據臺灣東森電視臺網站報道，外傳菲律賓司法部門預計本週五（24日）就會派調查團赴臺調查臺灣漁船案。但臺灣地區外事部門亞太事務負責人何登煌今日表示，臺灣方面尚未核發有關證件，消息並不正確；另外，由於雙方尚未達成共識，因此本週要互派調查團的可能性不高。
何登煌表示，目前雙方仍就彼此提出的實質調查項目做最後確認，臺灣方面一共提出10項要求、菲方則有11項，最後可能不會全部接受，但有些堅持的部份一定會爭取。
此外，何登煌強調，由於臺灣方面為受害一方，因此還是希望調查團能先行赴菲，或是同時派出調查團，但最後該怎麼做，也有待雙方進行溝通。
臺灣地區外事部門發言人高安則表示，在雙邊正式啟動司法互助程式後，有關司法調查的部分，就要由法務部門“做為單一發言窗口”，外事部門會在行政工作上給予協助。而在外事溝通上，雙邊會以駐菲臺北經濟文化辦事處與馬尼拉經濟文化辦事處的架構下，就本案做後續的協商與談判。
