2007年因特別費案首次辭職

　　2006年，陳水扁因“國務機要費案”被指貪污，從而引發臺灣7000多名政務首長因特別費支出而被調查和起訴。時任臺北市長的馬英九，也被檢舉“將首長特別費挪至私用”，並在2007年2月遭到檢察官侯寬仁以“貪污罪”起訴。一向以清廉形象著稱的馬英九，憤而辭去黨主席，並宣佈參選2008。而當時各項民調顯示，他的聲望不降反升。

【歷史新聞連結】

　　臺灣逾六成民眾相信馬英九清廉

　　臺灣《聯合報》最新民意調查結果顯示，臺灣檢方13日宣佈以涉嫌貪污起訴馬英九後，相信其清廉操守的民眾比例高達六成一，比去年11月的民調結果增加5個百分點。

　　馬英九被起訴後聲望不降反暴升

　　事件發生後，臺灣多份民調顯示，馬英九的聲望不降反升，分別有62%、61%、68%的人支援他參選2008年臺灣地區領導人。國民黨“立法院”黨團援引平面媒體民意調查表示，馬英九被起訴後，民調上升10個百分點。

　　港臺輿論紛紛為馬英九鳴不平

　　中國國民黨主席馬英九因“特別費”案遭臺灣檢方起訴，成為港臺媒體關注的焦點。14日出版的許多港臺報紙都為馬英九鳴不平，認為該案是“政治蹂躪司法，君子難敵小人”。

　　臺灣《中國時報》發表社論指出，馬英九“特別費”案從一開始就具有高度政治性。如果馬英九遭起訴，是臺檢方處理“特別費”的標準，未來大家也將關注檢方如何處理“綠營”眾多“天王”的“特別費”案。不要忘了，全臺約6500位各級行政負責人處理“特別費”時，都是用的與馬英九同樣的方法。

　　臺灣《聯合報》發表社論説，本案極具爭議，不僅馬英九的個人認知和檢察官的法律認定有巨大落差，消息傳出後，許多民眾也強烈表達“相信馬英九清白”的意見，可見檢察官的心證和社會大眾的心證也有很大的落差。

　　香港《明報》在報道中稱，馬英九一向代表臺灣政治的清流。從臺灣“高檢署”所公佈的起訴理由看，馬英九在道德層面上仍然是無愧於良心，無愧於民眾的，只是在法律層面陷入制度陷阱。

　　香港《東方日報》發表題為《政治蹂躪司法，君子難敵小人》的文章説，臺灣政壇又上演了一幕政治蹂躪司法、君子難敵小人的鬧劇。在制度及潛規則的陷阱下，加上政壇的險惡，馬英九成了替罪羔羊。另外，陳水扁“機要費”貪腐案由大化小，由小化拖，由拖化無，而馬英九的“特別費”案由小變大，從重從快，這不能不令人懷疑:司法的公正已被政治的黑手蹂躪。