為推動海峽兩岸海上直航，財政部和國稅總局日前下發通知，對海峽兩岸海上直航業務有關稅收政策進行調整。
按此次下發的《關於海峽兩岸海上直航營業稅和企業所得稅政策的通知》（財稅[2009]4號）文件規定，自2008年12月15日起，對臺灣航運公司從事海峽兩岸海上直航業務在大陸取得的運輸收入，免征營業稅。對臺灣航運公司在2008年12月15日之後已繳納應予免征的營業稅，從以後應繳的營業稅稅款中抵減，年度內抵減不完的予以退稅。
此外，自2008年12月15日起，對臺灣航運公司從事海峽兩岸海上直航業務取得的來源於大陸的所得，免征企業所得稅。享受企業所得稅免稅政策的臺灣航運公司應當按照企業所得稅法實施條例的有關規定，單獨核算其從事上述業務在大陸取得的收入和發生的成本、費用；未單獨核算的，不得享受免征企業所得稅政策。
據悉，通知所稱臺灣航運公司，是指取得交通運輸部頒發的“臺灣海峽兩岸間水路運輸許可證”且登記地址在臺灣的航運公司。
