分類推進事業單位改革是一項複雜的系統工程，其中，人事制度、收入分配製度和養老保險制度由人力資源和社會保障部牽頭負責。深化這三項改革，是貫徹落實《中共中央 國務院關於分類推進事業單位改革的指導意見》（中發[2011]5號）文件精神，保證分類推進事業單位改革順利實施的必然要求。
一、以推行聘用制度和崗位管理制度為重點，逐步建立符合事業單位特點的人事管理制度
2000年中央下發《深化幹部人事制度改革綱要》以來，以聘用制度和崗位管理制度為重點的事業單位人事制度改革穩步推進，取得了積極進展。聘用制度初步建立，崗位設置管理實施工作全面推開，公開招聘制度不斷擴大，逐步改變了按照黨政機關辦法管理事業單位人員的做法，淡化了身份，強化了崗位，優化了結構，增強了活力，調動了廣大工作人員的積極性，促進了社會事業發展和基本公共服務。
新形勢下，深化事業單位人事制度改革，要根據事業單位分類實行不同的人事管理制度。承擔行政職能事業單位，轉為行政機構的，實行公務員制度；從事生産經營活動事業單位，轉為企業的，實行勞動合同制度；從事公益服務事業單位，實行以聘用制度和崗位管理制度為主要內容的事業單位人事管理制度。積極探索完善不同類型公益類事業單位在聘用合同、崗位設置、公開招聘、競聘上崗等方面的不同管理辦法。
當前和今後一個時期深化事業單位人事制度改革的指導思想是：以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，深入貫徹落實科學發展觀，根據完善社會主義市場經濟體制和發展社會事業的需要，堅持科學化、民主化、制度化方向，全面推行聘用制度和崗位管理制度，創新管理體制，轉換用人機制，整合人才資源，凝聚優秀人才，充分調動事業單位各類人才的積極性、主動性、創造性，為促進社會公益事業發展、全面建設小康社會、構建社會主義和諧社會提供人才保障。
深化事業單位人事制度改革的目標任務是：按照中央關於深化幹部人事制度改革和分類推進事業單位改革的總體要求，以轉換用人機制和搞活用人制度為核心，以健全聘用制度和崗位管理制度為重點，形成權責清晰、分類科學、機制靈活、監管有力，符合事業單位特點和人才成長規律的人事管理制度，實現由固定用人向合同用人轉變，由身份管理向崗位管理轉變。到2015年，全面建立聘用制度，完善崗位管理制度，普遍推行公開招聘制度和競聘上崗制度，建立健全考核獎懲制度。到2020年，形成健全的管理體制、完善的用人機制和完備的政策法規體系。
按照中央的部署和要求，事業單位人事制度改革重在機制建設。一是合同用人機制。全面推行聘用合同制度，把聘用合同作為事業單位人事管理的基本依據，通過聘用合同規範單位和工作人員的人事關係，建立起以合同管理為基礎的用人機制。二是公平競爭機制。全面實施崗位管理制度，國家確定事業單位通用的崗位類別和等級，事業單位按照有關規定自主確定崗位，自主聘用人員，實現按需設崗、競聘上崗、按崗聘用、合同管理。新進人員全面實行公開招聘制度，內部人員選拔聘用大力推行競聘上崗制度。三是績效評價機制。建立健全以聘用合同和崗位職責為依據、以工作績效為重點內容、以服務對象滿意度為基礎的考核辦法。建立符合事業單位特點的獎懲制度。四是人員退出機制。規範解除、終止聘用合同的條件、程式和經濟補償方面的規定，研究建立與聘用制度和崗位管理制度相適應的事業單位工作人員退休制度。五是權益保障機制。健全人事爭議處理機制，公平公正、及時有效地處理人事爭議，維護單位和工作人員雙方的合法權益。探索調解的有效方式，加強事業單位人事爭議仲裁工作，建立健全事業單位工作人員申訴辦法。六是監督管理機制。加大對事業單位貫徹落實人事政策法規的監督檢查力度，建立制度化、經常化的執法監督檢查機制，嚴肅查處事業單位人事管理違法違規案件。健全民主管理制度，發揮社會輿論和人民群眾的監督作用。制定以事業單位人事管理條例為核心的政策法規體系，實現事業單位人事管理的規範化、法制化。
二、以全面實施績效工資為重點，逐步實現事業單位收入分配的科學化和規範化
按照黨中央、國務院的統一部署，從2006年7月起改革事業單位工作人員收入分配製度，建立崗位績效工資制度，工資結構由崗位工資、薪級工資、績效工資和津貼補貼四部分組成，其中崗位工資和薪級工資為基本工資。由於事業單位種類多，情況複雜，分類等相關改革還在逐步推進中，在改革步驟上採取分步實施、逐步到位的辦法，先進行基本工資制度改革，績效工資等政策逐步到位。
事業單位工作人員收入分配製度改革實施以來，基本工資入軌平穩運作，結合清理規範津貼實施績效工資正在穩步推進。深化事業單位工作人員收入分配製度改革，要根據分類推進事業單位改革的總體要求，健全符合事業單位特點、體現崗位績效和分級分類管理的工作人員收入分配製度，逐步建立起機制健全、關係合理、調控有力、秩序規範的管理運作體系，促進事業單位發展和體制機制創新，逐步實現事業單位工作人員收入分配的科學化和規範化。
事業單位實施績效工資的總體考慮是，將實施績效工資與規範津貼補貼結合起來，逐步形成完善的績效工資分配激勵機制，搞活單位內部分配。一是合理確定績效工資總量和水準。二是規範績效工資的分配，形成有效的分配激勵機制。三是統籌考慮離退休人員，共用改革發展成果。四是加強財務管理，嚴肅分配紀律。
另外，要完善相關配套政策措施。一是完善高層次人才分配激勵機制。主要是繼續實行政府特殊津貼制度、採取一次性獎勵以及實行協議工資等靈活多樣的分配形式和分配辦法，實現一流人才、一流業績、一流報酬。二是對事業單位主要領導逐步建立激勵約束機制。在進一步完善考核制度的基礎上，由主管部門依據崗位職責、工作業績和貢獻以及風險等因素，確定事業單位主要領導的分配辦法和收入水準。三是進一步加強工資分配管理。完善事業單位收入中可用於工作人員收入分配的資金管理政策，制定事業單位工作人員兼職兼薪管理辦法，加強工資政策執行情況的監督檢查，加大對違反政策行為的查處力度。
三、以建立健全養老保險制度為重點，積極構建事業單位社會保障體系
黨中央、國務院歷來高度重視事業單位的養老保障制度建設。1955年，事業單位建立了與國有企業大體相同的退休制度，長期以來，退休制度對保障事業單位退休人員生活發揮了重要作用。2008年3月，國務院發佈了《事業單位工作人員養老保險制度改革試點方案》（國發[2008]10號），決定在山西、上海、浙江、廣東、重慶5個省市先期開展事業單位養老保險制度改革試點。2010年頒布的社會保險法，將事業單位及其職工納入基本養老保險制度覆蓋範圍。這次分類推進事業單位改革，又下發了《事業單位職業年金試行辦法》作為配套文件。
事業單位養老保險制度改革的總體思路是：按照權利與義務相對應、公平與效率相結合、保障水準與經濟發展水準及各方面的承受能力相適應的原則，逐步建立起獨立於事業單位之外、資金來源多渠道、保障方式多層次、管理服務社會化的養老保險體系。改革的一個基本原則是確保事業單位退休人員的待遇水準不降低，按照“老人老辦法、新人新制度、中人逐步過渡”的原則，妥善處理好改革前後退休人員待遇水準的平穩銜接。
事業單位養老保險制度改革主要有六個方面內容。一是養老保險費用由單位和個人共同負擔。單位繳費和個人繳費分別計入基本養老保險統籌基金和個人賬戶。二是實行與繳費相聯繫的待遇計發辦法。基本養老金由基礎養老金、個人賬戶養老金組成，待遇水準與繳費年限、繳費水準和退休年齡更緊密掛鉤。三是實行省級統籌。可以增強基金調劑能力和抗風險能力，並明確省、市、縣各級政府的責任。中央所屬事業單位按屬地原則參加養老保險。四是加強基金管理。為確保基金安全，事業單位養老保險基金單獨建賬，納入社會保障基金財政專戶，實行收支兩條線管理。五是建立職業年金制度。目前，《事業單位職業年金試行辦法》已經印發，需要由各試點地區根據實際情況進行探索，積累經驗。六是退休人員逐步實行社會化管理服務。事業單位退休人員的養老金實行社會化發放，創造條件逐步實行退休人員與原單位相分離，提高社會化管理服務水準。
下一步，結合收入分配製度改革和研究養老保險制度頂層設計，著力研究解決養老保險與工資制度的關聯、多層次保障體系、待遇水準與企業同類人員的平衡關係、過渡期設置及平滑銜接等問題，同時推動公務員養老保險制度改革，在全社會形成基礎制度統一、公平的取向，給各類群體積極正確的預期。
