在臺灣大學政治學系教授張亞中看來，此次臺灣和菲律賓的衝突，是臺灣在南海問題的總爆發。
張亞中分析，兩岸在南海包括在釣魚島海域的聯手護漁沒有實質進展，主要是兩方面的問題：第一是美國在作祟，它不希望兩岸走得太近，希望借助臺灣來牽制中國大陸；另一方面，目前兩岸經貿往來已經很密切了，但是政治上的分歧一直都存在，這讓很多臺灣人沒有安全感，他們擔心，若是在南海或是釣魚島問題上與大陸走得太近，會被大陸“吞併”。
張亞中強調，臺灣內部就存在政治分歧，時不時會被別有用心的人利用。在這方面，需要大陸透過各種方式，消除臺灣民眾的顧慮。讓臺灣人感覺到，大陸是有能力、有誠意攜手臺灣一起護衛疆土，而在這個過程中，臺灣又可以保持一定的獨立性。這兩者沒有衝突。
張亞中強調，目前能消除臺灣民眾顧慮的最有效辦法，就是儘快展開兩岸政治協商，探討出一個大家都可以接受的模式。(海峽導報記者張燕娟)
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