據臺灣媒體報道，催生“勞動部”、“衛生福利部”，是臺當局這波組織改造關鍵性變革之一，但組改成效要顯現八字還沒一撇，千名金融僱員、技術人員能否轉任公務員，先引發行政、考試兩機構矛盾。若此舉真將使公務員退撫激增百億負擔，問題不可謂之不大，且在社會檢討公務人員各項福利之際，這樣的轉任是否合理公平，更將引來各方聚焦；臺當局率開方便之門的後果與效應，當政者恐需細細思量。
回顧組改過程，“考試院”早在組改初始，已清楚反對轉任公務員的規劃，但“行政院”各單位卻礙於人情壓力，未正面解決問題，仍在組織法草案羅列可轉任條款，最終迫使“銓敘部”通過“立法院”答詢出招，演變成“考試院”公開反對“行政院”的困窘局面。
“考試院”以維護公務員制度、財政的完整性出招，先一步站穩立場；對兩機構爭議被攤開，“行政院”則由業務銜接順暢著眼，希望訴之以情，與“考試院”溝通。“行政院”相關部會的業務負責人，還曾以“穿著西裝改西裝”來形容，強調組改過程維持業務不中斷，多麼難為。
組改當然是艱難的工作，若轉換公務員，對制度銜接有必要性，“行政院”應大聲為政策辯護；但當輿論氣氛開始質疑轉任正當性，媒體再追問主張，主管部會或是指“健保局”、“勞保局”早提出完整説帖，避談評論説帖內容是否合理，或是推稱因行政團隊改組，所以不清楚過去處理經過。政院的隱諱態度，讓人摸不清究竟立場為何，但第一時間把爭議政策丟給“立法院”定奪，卻有如年終慰問金案的翻版。
馬臺當局執政以來，一直揮舞改革大旗，誓言追求公平正義，各方雖有批評，但多質疑改革的時機、方法，不曾否定改革的理想。然而組織改造推動至今，已出現業務銜接失調、變動部會單位各顯神通爭取自身利益等亂相，“健保局”、“勞保局”人員爭取轉任公務員，只是冰山一角，若“政院”無法抗拒各方人情壓力，讓臺當局愈改造愈龐大，則各方對臺當局施政的評價，將絕不只是“有感”、“無感”的差別而已。
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