第5軍
邱清泉的第5軍和胡璉的整11師一樣，內部的矛盾不嚴重。邱清泉是第5軍的老人，他的基本部隊新22師早在第5軍遠徵緬甸失敗後就分出去了，現在的三個師200師，96師，45師中200師從歷史來說算是第5軍的基本部隊，但邱清泉也沒有去搞對那一個師偏心一些的動作。在用人上，邱清泉和胡璉一樣基本上是唯才是用，不能打仗的，不管你是200師的還是另兩個師的，也不管你資歷多深，一概趕走，提能打仗的上來，這樣被趕跑的有廖慷，黃翔等。而只要作戰有辦法，就得到邱的重用，象龔時英，郭吉謙，鄧軍林，從這一點來說，邱比胡璉還要開放一些。在指揮作戰上邱清泉剽悍而又時刻保持警惕，上級指揮也不讓第5軍擔任容易挨打的防守任務，更不會將第5軍分割使用，所以第5軍一直到淮海戰役前都沒吃什麼大虧，還佔了一些便宜，這樣又有助他在第5軍中的威望。
在對外關係上，因為邱清泉性格比較強硬，上級往往指揮不動他，除了蔣介石，對別人是不買賬的，甚至是蔣介石的命令，有時候也不太聽。第5軍本身因為前述的邱清泉指揮上的警惕和上級使用上主要作為機動部隊不派據點防守任務，所以很少挨打，作戰任務經常是要去救挨打的友軍，象救胡璉，救區壽年沈澄年。邱在擔任這種救援任務的時候，動作慢，還總是要保留很大力量以防備解放軍來打他(胡璉也是一樣)，比如救胡璉他留著96師不動，救區壽年他留著整70師不動(當時邱已是整5軍軍長兼整5師師長)。他這種作法，別人當然覺得他自私自利，難以指望他的援救。後來黃百韜在碾莊被圍，對力量小的李彌還有些指望，對力量大的邱清泉反而就不抱希望了。邱清泉恃寵而驕，象豫東戰役後他受到蔣介石的處分，他很不高興，回浙江轉了一圈，結果蔣介石還是很快又把他叫回部隊，還升了官當第二兵團司令官。這樣一來，蔣介石想叫白崇禧來徐州指揮徐蚌會戰，白崇禧就覺象第二兵團這樣一個最主要的力量由于邱清泉的驕橫而難以指揮，還是算了吧。而如果白崇禧當時同意指揮徐蚌會戰，結果將會不一樣。雖然黃百韜可能還是會被吃掉，但從武漢剿總來參戰的部隊，就會大得多，快得多。中野可以圍住黃維的4個軍，如果不是4個軍而是6個軍，7個軍，甚至8個軍，就難以圍住。白崇禧不同意去徐州原因當然不只是擔心指揮不動邱清泉這一個，但確是一個重要因素。總的來看，第5軍的對外矛盾是比較嚴重的，邱清泉的作法保證了第5軍在相當時間里不吃虧，但友軍就不可避免地多吃了一些虧。
新一軍
新一軍這個嫡係里的異類，抗戰中在印緬創造了光榮戰績，但在東北的解放戰爭中卻很不順利。
這個部隊的內部矛盾主要是一個派係矛盾。新一軍內部有孫立人的稅警總團和陳誠的土木係這兩個來源。新38師和新30師掌握在稅警總團老人李鴻和唐守治手里，50師掌握在土木係的潘裕昆手里。但孫立人任軍長期間，孫立人指揮新38師和新30師當然很順手，而指揮50師憑其印緬作戰時建立起的威望也沒什麼問題。林彪一下江南中吃掉50師150團兩個營後50師情緒一度有些波動，但隨後二下江南孫立人很快給德惠的50師解圍後就不再有問題了，覺得孫立人並沒有因為50師不是親生兒子就不關心，指揮也有辦法。
孫立人被從新一軍調走後，潘裕昆任軍長，另兩個師情緒出現了很大問題，一開始問題還不大，主要只是覺得以後在這個軍里的前途發展會受到影響，但問題很快變得嚴重了。當時在三下江南結束後，新一軍一度受到沉重打擊的信心士氣已經很快恢復。新一軍在一下江南中被林彪圍點打援吃掉了近兩個團，二下江南中第一仗在城子街被吃掉一個團，但第二仗在德惠就打了一個翻身仗，守點部隊沒被吃掉，援兵也沒被吃掉，三下江南也沒有吃虧。一下江南結束後，新一軍針對東野的圍點打援作了作戰檢討，研究了對策。
一，向東北剿總提出不再以營團為單位防守據點，因為以當時東野的攻堅力量營團單位明顯已經是白送了。改以連排單位防守原來要用營團防守的據點，只警戒不死守，小部隊目標小，又沒有重裝備，撤起來很容易。這個建議被剿總否決後新一軍退而求其次，採用了在開戰後以軍情緊急需要臨機處置為說法放棄所有營團據點，收縮兵力保持師的據點防守。這個辦法當然不如平常就不搞營團防守理想，因為解放軍的急行軍能力是驚人的，等發覺情況再想撤可能已經晚了，但總是比死呆著等解放軍來吃好一些。
二，在援兵的指揮上，強調利用夜間行動和利用小路行動，寧願少帶一些重裝備和彈藥，以出敵意料為第一考量。同時加強搜索。這些對策在二下江南中已經有了效果，雖然城子街的89團因為解放軍行軍速度實在太快而未來得及跑掉，但接下來立刻在德惠給東野一個挫折。但在三下江南結束後孫立人被調開以後，潘裕昆由于資歷淺，連那個在開戰後放棄營團據點的辦法也不能自己作主使用了，結果在三下江南後的東野夏季攻勢中，連續被殲滅兩個團(新30師90團，新38師112團)，這樣新38師和新30師部隊當然對潘裕昆有了很大的意見(主要意見還是針對杜聿明的，將在對外矛盾中細述)，覺得他沒魄力，沒擔當，跟著他這樣下去遲早要被解放軍消滅。好在夏季攻勢結束後東北剿總就易人了，陳誠上臺增加軍番號，新38師從新一軍分了出去和保安部隊組成的暫61師，暫56師成立新七軍，而留在新一軍的新30師，由于陳誠改變了東北剿總以前對新一軍分割成團單位防守據點的使用方法，情緒也得到了穩定。
和內部矛盾相比，新一軍的外部矛盾要遠遠尖銳得多，造成對新一軍作戰表現的影響也遠遠大得多。
首先，是杜聿明和孫立人的關係問題。眾所周知，在中國遠徵軍首次入緬因戰事不利撤退時，孫立人反對杜聿明進入野人山的命令，帶領新38師在完成斷後任務後，沒有跟著已進入野人山的第5軍，而是西退印度。杜聿明帶領第5軍的軍部和新22師在野人山中輾轉三月遭受大量非戰鬥人員裝備損失後，結果還是一樣退到了印度。新38師在先退到印度後也挂念著還在野人山中的第5軍，孫立人到印後要求盟軍空軍立刻在野人山搜索以便提供空中補給，找到第5軍後，新38師向野人山開設補給站，接應了第5軍部隊。
杜聿明到達印度後，回重慶報告作戰經過，向蔣介石告了孫立人一狀，說孫立人不遵命令擅自入印度，隱指孫立人對國家的忠誠有問題(聯想孫立人在美國受教育)要求追究孫立人的責任。重慶方面召回孫立人，聽了孫立人的報告，當時戴笠告訴孫立人，據軍統派在新38師明暗大小幾十個人觀察孫立人和英美盟軍交往的言行，一致認為孫立人對國家忠忱毋庸質疑。實際上當時重慶方面甚至覺得孫立人在蘭迦整訓部隊和美國人衝突得太厲害，何應欽在蘭迦視察時當面命令孫立人要以中美大局為重，避免和美軍衝突，宋美齡也當面埋怨孫立人和美軍關係搞得太僵。
不管怎樣，杜聿明告這一狀，在杜孫兩人之間，在新38師其他全部官兵和杜聿明之間，毫無疑問從此就有了一個疙瘩。兩人下一次見面就是在東北了，孫立人從中國駐聯合國軍事代表團受召來到四平前線指揮新一軍對四平的總攻，于3天後佔領了四平。
杜聿明發表戰報，說新六軍攻佔四平。新六軍當時在四平以東向北推進，有包抄民主聯軍側背的威脅，所以雖然新六軍並未投入對四平的攻擊(有一個廣泛被採用的新六軍于18日攻佔塔子山的說法，但錯誤，攻擊塔子山的是新一軍50師和52軍195師，而195師當時還沒有歸新六軍指揮，要在國軍發起追擊時才歸新六軍指揮)，但確實對動搖民主聯軍防守四平起了重要作用。不過在戰報中把所有功勞都歸于新六軍，完全不提實際攻破民主聯軍四平防線的新一軍，不是一個恰當的做法。
孫立人和新一軍官兵在看到這個戰報後，對杜聿明產生了強烈的反感，也不可避免地想起了緬甸的舊事。但事情才是個開始，杜聿明馬上發布了對民主聯軍的追擊命令，在這個命令中，長春是劃進了新六軍的作戰地境，同時發布了一個一百萬東北流通券的懸賞，獎勵先進入長春的部隊。這一手，徹底引爆了孫立人和新一軍已經被那個戰報引起的對杜聿明的反抗情緒，直接導致孫立人一度拒絕執行杜聿明的追擊命令這樣的激烈行動。後雖然還是進行追擊，但新38師和50師的部分部隊不理杜聿明的命令，進入新六軍的作戰地境，于5月23日進入了長春(新六軍先頭部隊也在同一天進入長春)。
雙方關係徹底破壞後，矛盾可以說越來越深，衝突愈演愈烈。在杜聿明這方面，如前所述，杜聿明把新一軍拆成營團搞據點防守，一下江南後仍拒絕新一軍的意見改變部署，新一軍採取戰鬥開始後立刻收縮兵力的辦法，但不久孫立人就被調走，新一軍再次陷入兵力分散死守挨打的局面，立刻在夏季攻勢中連喪兩團，特別是如果說在三下江南時新一軍部隊仍能進行頑強戰鬥，在夏季攻勢這兩仗新一軍已經表現出明顯的鬥志低落，喪失信心。
