1961年，肯尼迪宣誓入主白宮，成為美國歷史上最年輕的總統。肯尼迪在第二次世界大戰中擔任過美國海軍魚雷巡邏艇艇長，因此，這位年輕的總統對美國特種作戰部隊有著說不出來的感情。

　　1962年1月1日，肯尼迪總統下令建立海豹突擊隊一隊，一個星期之後的1月8日，他又下令建立海豹突擊隊二隊。這兩支海豹突擊隊的任務是實施海軍特種作戰。

　　1962年年初，太平洋艦隊總司令認為美國海軍在越南地區的活動很可能會大大增加，便下令勘測南越沿岸的海灘。于是，“庫克”號高速運輸艦奉命對峴港、芽莊、金蘭灣、頭頓和歸仁附近的海灘進行勘測。勘測工作于1962年1月4日開始，並于1月27日結束，期間沒有出現任何事故。

　　1962年4月，海豹突擊隊第一支訓練小隊離開了美國，奔赴越南。由此，海豹突擊隊作為一支特種作戰力量出現在美軍作戰行動中。

　　海豹突擊隊駐越南基地基本都在港口，隨著戰事的發展，內河碼頭也逐漸成為“海豹”們的後方基地

　　這一次海豹突擊隊的任務是對南越部分海岸部隊進行偵察、破壞和遊擊戰訓練。同時，海豹突擊隊還被派往挪威、希臘、土耳其等北約國家，對那些國家的部隊進行非常規作戰訓練。

　　1963年秋，海豹突擊隊卷入了東南亞以及世界其他地方的非常規戰爭。為了集中管理與控制海軍特種作戰部隊，美國海軍于1963年10月10日分別建立了太平洋艦隊海軍作戰支援大隊與大西洋艦隊海軍作戰支援大隊，海豹突擊隊、灘頭傘兵部隊以及魚雷巡邏艇部隊歸這兩支作戰支援大隊調遣。在之後的越南戰爭中，海豹突擊隊迅速壯大，並在這場戰爭中大顯身手。

　　1966年，海豹突擊隊的“高爾夫”分遣隊抵達越南，主要在西貢東南面的芹交特區作戰。1967年，海豹突擊隊又派出了“阿爾法”分遣隊到越南參戰，這支分遣隊主要在湄公河三角洲地區作戰。在越南戰場上，海豹突擊隊的主要任務是偵察、伏擊以及偷襲，從另一方面來講，這為越南人民帶去了深重災難。

　　1966年2月，海豹突擊隊向越南派出一支由3名軍官與15名士兵組成的“高爾夫”分遣隊。這支隊伍為赴越作戰作了充分的準備，他們由美國駐越南海軍部隊指揮官指揮，作戰區域主要在芹交特區。