老式的突擊艇採用金屬材料制造，艇身十分堅固除了PBR自身的火力配備，船員們還隨身攜帶M79榴彈發射器、M16A1自動步槍、手雷、衝鋒槍、火箭筒、狙擊步槍、火焰噴射器。

　　PBR在作戰應用中，也逐漸暴露出了缺陷與不足，最主要的問題是在玻璃纖維的外殼與噴水推進係統上。由玻璃纖維制造的船體外殼固然能使船身吃水淺，但是不耐磨損，堅固性較差。噴水推進係統的水泵的進水口很容易被泥沙堵塞，水泵因此磨損得很快。

　　1967年年初，新型PBR投入使用，這種改進後的內河巡邏艇被稱為“馬克II”型PBR。其在武器裝備上與“馬克I”型PBR完全相同，不同的地方是船艇的外殼與噴水推進器。“馬克II”型PBR的外殼用金屬鋁做了加固，使得PBR在稍稍增加重量的情況下，提高堅固性和耐磨度；對噴水推進係統也做了改進，使得水泵既耐磨又不易堵塞。改進後的PBR最高時速可達55千米，很快就成為褐水海軍執行任務的主力。

　　巡邏艦隊是按巡邏艇編制的，兩艘PBR為一個巡邏組，五個巡邏組為一個巡邏艦隊。巡邏艦隊在湄公河三角洲的各個河流、湖泊、運河都有活動，有的艦隊還依據需要進行長期駐扎，比如駐扎在芹苴與平水、美荻、沙瀝、永隆、峴港等地區。

　　後來，在河流的出海口附近也可以看見PBR的身影。之後，又出現了由一些坦克登陸艦改裝的大型巡邏艇組成的內河巡防大隊。

　　褐水海軍除了大量利用PBR來進行巡邏以及進行後援支持之外，還採用“雨燕”艇來進行沿海近岸水域的巡邏與作戰。“雨燕”艇和PBR一樣，也是通過民船改造而成的。

　　“雨燕”艇的外殼是鋁，長50英尺，寬13.5英尺。相對PBR來說，“雨燕”艇的艇身較為寬大，吃水深度也比PBR大，排水量為22噸，採用兩臺475馬力柴油發動機，時速為50千米左右。艇上的武器係統比PBR強大許多，上層裝有一挺雙聯裝50口徑重機槍，後甲板裝有一門81毫米的馬克迫擊炮和一挺50口徑的重機槍。

　　一般情況下，“雨燕”艇由少尉軍官指揮，配備6名士兵。

　　“雨燕”艇一般被用做攔截艇，當較大的海軍艦艇無法行駛到沿海近岸水域進行攔截的時候，“雨燕”艇便可以出動進行攔截。

　　在必要時，海豹突擊隊直接駕駛“雨燕”艇來執行任務。由于該艇的火力較強，適合用于火力支援以及直接參與遭遇戰。為了能夠讓“雨燕”艇上的火力得到充分發揮，褐水海軍還為艇上的81毫米迫擊炮設計了一種箭形彈，每發箭形彈一次可發射1300支帶翼的鋼矛，形成巨大的殺傷力。

　　海豹突擊隊的直接後援部隊是船艇支援一隊與機動支援一隊。船艇支援一隊成立于1964年2月，它與海豹突擊隊一隊歸屬于同一指揮體係，都由海豹突擊隊總指揮官調遣。當海豹突擊隊執行任務的時候，這支隊伍也即刻進入後援支持狀態。

　　船艇支援一隊的任務有兩個：第一，對河流以及受限水域行動的船只進行研究測試，並及時提出改進方案，以便為海豹突擊隊需要乘船的行動任務提供最佳船艇以及最佳乘船方案；第二，保養和維護船只，並為支援海豹突擊隊的軍事行動進行水手分配。

　　船艇支援一隊的成員全部是海軍官兵，他們所用的船艇是“麥克Ⅵ”中型登陸艇，通常被稱為“麥克”艇，它是用大“馬克IV”型登陸艇改造的。

　　“麥克”艇不僅能夠為“海豹”們提供強有力的火力支援，還能夠充當海豹小分隊戰場通信聯絡基站，並能夠實現長距離運輸、接應。其船體的鋼板裝甲，可以抵擋百米之內50口徑的穿甲彈，還可有效削弱無後坐力炮以及輕型反坦克武器的打擊效能。

　　雖然“麥克”艇艇身較大，吃水較深，但其運行時的噪聲在百米以外就聽不見了，其兩臺具有水下排氣係統的225馬力的柴油發動機運轉十分安靜。

　　重裝甲、較大艇身、靜噪發動機使得“麥克”艇的航速很慢，在順流航行的時候，時速最高也只能達到15千米左右。雖然航速很慢，但是火力非常強大，艇上配備的都是重武器。艇臺甲板上方裝置了一門106毫米M40無後坐力炮，這種炮可以將一個中小型建築物炸毀。艇臺甲板前方裝置了一門81毫米馬克Ⅱ直瞄式迫擊炮，這種迫擊炮瞄準率很高。艇的兩舷可以裝置多挺重機槍，最初，這些位置裝置四挺50口徑的M2重機槍和兩挺M21機槍。後來，換成了馬克18型40毫米速射榴彈發射器，使火力更為強大。有的“麥克”艇甚至還裝備了備彈4000發的M134急射輕機槍。