張勳復辟失敗後，段祺瑞掌握了北京政府的實權。由于國會已經不復存在，段祺瑞就在7月14日正式宣布對德宣戰，中國加入協約國陣營參加第一次世界大戰。以參戰為契機，原本與日本關係密切的皖係軍閥就開始和日本進行頻繁的接觸。

　　日本在袁世凱敗亡以後也對對華政策進行了調整。大隈重信內閣的外相加藤高明在提出對華“二十一條”的時候，違背日本政壇的慣例，不將外交文書事先遞送元老（前首相或元勳重臣，擁有確定首相人選並決定大政方針的特權）審查，也不和元老們就重大外交事項進行通氣，引起了西園寺公望等元老的不滿。特別是“二十一條”引起了中國強烈的不滿，並引發反日風潮，元老們認為這是大隈內閣對華外交的失策，並對加藤高明的“獨走”表示了“憂慮”。緊接著，大隈重信內閣因為增設師團的問題與議會發生衝突，最終採取賄選的方式解決，醜聞暴露以後被迫下臺。繼任的是曾任朝鮮總督的寺內正毅，出身陸軍的寺內正毅轉變了大隈內閣露骨的對華政策，改為“對華親善”，打著這一旗號的寺內正毅通過他的朋友西原龜三來找段祺瑞，表示支持北京政府的“武力統一”政策。日本人的需求和段祺瑞一拍即合，雙方就在1917年到1918年簽訂了一批貸款協議，通稱“西原借款”。

　　西原借款總共有8次，總計1.45億萬日元之多。段祺瑞通過借款，把大批

　　的利權轉讓給了日本，如利用有線電信借款2000萬日元，以東北的吉會鐵路為抵押借款1000萬日元，以黑龍江、吉林的金礦、森林為抵押借款3000萬日元，以滿蒙四鐵路為抵押借款2000萬日元，以山東二鐵路為抵押借款2000萬日元等等。這些借款其實大多進了皖係的私人腰包，用來擴軍備戰。同時，段祺瑞還以參戰為名，在向日本借款的同時，還編練了三個師兩個混成旅的“參戰軍”，購買大批的日本軍火。按日本人的要求，段祺瑞軍隊的槍炮口徑、子彈規格等都與日本軍隊“統一”。

　　隨著這些借款，日本趁機向段祺瑞政府提出了攫取山東權益的要求，中國駐日公使章宗祥“欣然同意”。顯然，這個答復為日本後來尋求保有山東權益提供了口實。

　　除此之外，段祺瑞政府還和日本簽訂了軍事協議。在俄國十月革命以後，日本參與協約國對蘇維埃俄國的軍事幹涉，出兵遠東和西伯利亞。中國駐日公使章宗祥與日本外務大臣本野一郎于5月16日簽訂了《日華陸軍共同防敵軍事協定》。19日，又簽訂了《日華海軍共同防敵軍事協定》。借助這兩個軍事協定，日軍經過中國東北進入俄國的遠東和西伯利亞，並借此賴在中國東北不走。

　　段祺瑞政府的賣國行徑引起了中國民眾的強烈不滿。《京報》的主編陳友仁發表一篇題為《出賣中國》的文章，公開抨擊段祺瑞政府，被逮捕並被判決入獄4個月，報紙因此被查禁。

　　為進一步鞏固統治，段祺瑞加強了對北京政府的控制。在段祺瑞復出組閣先期，一度沿用梁啟超、湯化龍等“研究係”的人員。但段祺瑞漸漸發現，研究係的那群“老夫子”並不像想象中的那樣聽話，他們在對日關係、國內施政等許多方面與段祺瑞及其心腹徐樹錚發生衝突。段祺瑞很快拋棄研究係，另選擇一些政客組織忠實于皖係的“安福俱樂部”。

　　安福俱樂部以一開始的活動場所在北京安福胡同而得名，主要成員有王揖唐、王印川、劉恩格、黃雲鵬、田應璜、解樹強、江紹傑等人。最早這個俱樂部只是一個請宴狎妓的風月場所，但在1918年，徐樹錚認為有必要成立一個皖係所控制的政黨，于是于1918年3月7日，在安福胡同梁宅正式成立了一個“安福俱樂部”。這個俱樂部無政黨之名，有政黨之實，但說是政黨，又沒有任何黨綱方針，一切都唯皖係馬首是瞻，非國會議員不吸收入會。因此，這是一個皖係操控下的政客組織。安福俱樂部出現後的第一件“大功”就是控制了國會。在張勳復辟失敗後，段祺瑞拒絕恢復國民黨佔多數的舊國會。1917年9月，北京政府以總統馮國璋的名義發布命令，組織了一個臨時參議院，對《國會組織法》和《參眾兩院議員選舉法》進行了修正，大大減少議員名額，並限制選舉權和被選舉權，1918年3月正式宣布根據新的選舉法規進行國會選舉。5月至6月，國會選舉正式進行，安福係在財大氣粗的皖係軍閥的支持下，用賄選、利誘、舞弊、威脅等手段，在參眾兩院共計472席中獲得了330余席，成為國會的第一大黨。這一屆國會因此被稱為“安福國會”。

　　有了這樣一個國會撐腰，段祺瑞更是一手遮天。直係的總統馮國璋在此期間與段祺瑞再度鬧翻。馮國璋于1917年11月宣布解除段祺瑞總理職務。段祺瑞一方面勾結奉係張作霖對馮國璋施加軍事壓力，一方面利用國會拆馮國璋的臺，在下野不到半年的情況下，馮國璋在1918年3月再度請回段祺瑞任總理。到1918年10月，馮國璋總統任期屆滿，皖直兩派通過妥協，由“安福國會”選舉了北洋大佬徐世昌為總統。副總統一職則因為各方博弈未果而一直空缺。徐世昌就職後，段祺瑞雖然不再擔任總理，但仍然通過政府內安插的皖係親信和“安福國會”控制著政局。

　　至此，北京的民國政府完全成為北洋軍閥們手中的玩具。所謂的“民主共和”也成了一個笑柄。無論是國會還是政府中，軍閥們用金錢說話，用刀槍交流，任何一項政策的出臺，任何一個人物的起落背後都有各大派係的骯臟交易。政府和國會成為政客們上演一幕又一幕政治醜劇的舞臺，戲碼令人作嘔，老百姓看得昏昏欲睡，厭煩不已。那麼，究竟該怎麼樣來改變這個現狀呢？孫中山為首的革命派再度給出了一個解決之道。