在張勳復辟後，孫中山于1917年6月離開上海南下廣州。是時，段祺瑞討平張勳，但並不提恢復《臨時約法》，也不恢復舊國會，而是另起爐灶，準備

　　籌建新國會作為自己的政治工具。有感于此，孫中山為首的革命黨人就以維護《臨時約法》為號召，向全國發出倡議。舊國會的議員王正廷、孫洪伊、唐紹儀等人紛紛南下，海軍總長程璧光亦帶領海軍南下。革命黨人希望能依靠西南軍閥唐繼堯、陸榮廷等人的勢力對抗北洋軍閥，而西南軍閥對段祺瑞政府推動的“武力統一”政策也深懷戒懼之心，因此願意支持孫中山。

　　8月25日，在廣州的舊國會議員召開了國會非常會議，在這次會議上通過了《中華民國軍政府組織大綱》。9月1日，國會非常會議選舉孫中山為中華民國軍政府大元帥，次日，選舉唐繼堯、陸榮廷為元帥，規定在《臨時約法》效力未恢復以前，中華民國行政權由大元帥行之，元帥協助大元帥處理政務。孫中山又任命伍廷芳為外交總長，孫洪伊為內政總長，唐紹儀為財政總長，胡漢民為交通總長，張開儒為陸軍總長，程璧光為海軍總長，章太炎為大元帥府秘書長，李烈鈞為參謀總長。廣州軍政府的成立，標志著南北兩個政府分裂對峙的局面正式形成。

　　1917年9月，北洋政府段祺瑞正式發文通緝孫中山以及南方國會議員等，而10月，南方護法軍政府正式宣布段祺瑞為“首逆”。北洋軍打著武力統一的旗幟南下，西南軍閥出于維護自身利益的考慮，立刻起兵對抗，陸榮廷決定自廣東派軍援助，與湘軍程潛等部在湖南反擊北洋軍。戰至半酣，北洋軍中直係的王汝賢、范國璋突然聲明停戰，北洋軍撤兵，皖係措手不及，長沙為護法軍所佔領。

　　北洋軍中的直皖爭端直接影響到了北洋軍在前線的戰鬥力，在北京政府內部，馮國璋和段祺瑞兩人也是爾虞我詐。皖係主戰，直係為不讓皖係坐大而主和。直係的地方實力派曹錕等也通電表示主和。加上護法軍攻克湖南，引發全國性的護法運動狂潮，直接導致了段祺瑞在1917年11月的下臺。

　　直係佔上風的北洋政府就向西南軍閥們伸出了橄欖枝，這對西南軍閥是一個誘惑。西南軍閥本就不想與北洋政府徹底翻臉，發動護法戰爭也只是為了自保，用武力對抗段祺瑞的武力“統一”政策，順便借孫中山的名頭擴大地盤。在軍閥中，陸榮廷對孫中山的護法軍政府最為不滿，因為孫中山駐節廣州，廣東原本是桂係在反袁護國運動以後謀得的地盤，現在孫中山在那里大有“鵲巢鳩佔”之勢，引起了陸榮廷的不安。加上孫中山作為大元帥，是護法軍的總代表，西南軍閥要與北洋軍閥談判交易，皆要通過他進行，多有不便。所以在南北對峙暫時緩和後，西南軍閥就密謀組織所謂“各省聯合會”與軍政府分庭抗禮，又策劃“改組”軍政府，目的在于架空孫中山。

　　當然，北洋軍閥也不會讓西南軍閥太好過。1918年1月，直係和皖係又達成了暫時的妥協，相約為北洋軍“找回面子”。北洋軍曹錕、王佔元等部很快逼入湖南，護法軍則自湖南全面北進，1月27日攻克岳陽。3月，段祺瑞卷土重來，三度出任總理。加上日本和美國在此前的1917年11月簽訂了《蘭辛——石井協定》，就中國的“門戶開放”問題達成了一致，日本無所忌憚地支持段祺瑞推進“武力統一”。4月，北洋軍進攻湖南，節節勝利，迫使失去桂係協助的湖南護法軍丟城棄地。

　　眼看北洋軍又要佔到上風時，北洋係統內的直皖爭端再度白熱化。段祺瑞把湖南督軍之位授予皖係的張敬堯，令直係的兩名“南徵功臣”吳佩孚和曹錕大為惱怒。曹錕于5月借口傷亡過重，拖延不進，並以“養病”的名義帶著司令部拍拍屁股回了天津。而吳佩孚則公開聯絡張宗昌等直係將領，聯名通電，要求北洋政府停戰和談。

　　另一方面，西南軍閥架空孫中山的活動也在繼續進行。1918年1月28日，海軍總長程璧光在廣州突然遇刺身亡。程璧光被刺一案較之“宋案”更為疑雲重重。程璧光是海軍的核心，孫中山的同鄉。他支持孫中山一方面是出于同鄉情誼，另一方面也因為海軍中多有兩廣人，與兩廣聯係較深。海軍是南方軍政府中除西南軍閥和孫中山以外的第三支力量，其依違倒向對西南政局有很大影響。程璧光之死至少有三個嫌疑人：試圖除掉他以削弱孫中山力量

　　的西南軍閥，試圖直接控制海軍的革命黨人和視之為眼中釘的北洋軍閥。所以當時三方就此案互相指責，令真相石沉大海。

　　可以肯定的是，程璧光的死，最受損失的是孫中山。原本手中無兵的孫中山本可以在西南軍閥之外再多一個選擇，或者以海軍制衡西南軍閥，而現在只能仰人鼻息。陸榮廷等拉攏國會議員和唐紹儀等行“改組”軍政府一事，他們拋出一個《中華民國軍政府組織大綱修正案》，規定廢除大元帥制，改為設“政務總裁”若幹人，彼此之間都有平等地位，責任同負。孫中山向唐繼堯求援，唐繼堯不但不予理會，反而提議“遙戴黎、馮為大副總統，或認馮為代理大總統，在南方組織軍務院或國務院，以行使職權。”1918年5月4日，非常國會正式通過了《修正軍政府組織法案》，孫中山在當天提出辭職。國會在20日選舉孫中山、唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯、林葆懌、陸榮廷、岑春嬧為總裁，曾任清朝兩廣總督的政客岑春嬧被推舉為主席總裁代理。這位岑春嬧總裁一邊當著南方軍政府的主席總裁，一邊領著北洋政府的俸祿當高等顧問。5月21日，極度失望的孫中山離開廣州前往上海。第一次護法運動徹底失敗。

　　失敗後的孫中山總結說：“吾國之大患，莫大于武人之爭雄，南與北如一丘之貉。”民國時期的軍閥秉承清末湘淮軍政客的遺風，既有軍事實力，又有政治頭腦。你跟他講實力，他和你講法律；你和他講法律，他跟你耍流氓；你和他耍流氓，他跟你拼刀槍；你和他拼刀槍，他跟你玩權謀。明槍暗箭、防不勝防。手中無兵無權的孫中山等革命派指望西南軍閥去對抗北洋軍閥，殊不知軍閥最看重的只有兩個字——利益。和他們談“革命理想”，談“自由民主”倣如對牛彈琴。因此，孫中山在西南軍閥為利驅使，倒轉槍口的時候，只能吃啞巴虧。

　　指望一部《臨時約法》去約束住不講信義的軍閥是很不現實的。所謂的“護法”也只能是一個美麗的幻想。一紙《臨時約法》，袁世凱、段祺瑞等實力派都能輕易地將之棄如敝屣，足見其力量之渺小。一再遭受挫折的舊民主主義革命已經走進了死胡同。中國革命要尋求突破，就必須要有新的思想，新的途徑和新的力量。