在中國大陸浙江象山港漁民完成“千船齊發”來去釣魚島海域之後，臺灣宜蘭漁民也從南方澳漁港“百船齊發”，駛往釣魚島海域，臺灣“海巡署”派出十艘艦艇護航，最後進入釣魚島三哩海域，與日本保安廳十多艘巡邏艇形成對峙局面，雙方艦艇互噴水柱宣示主權。馬英九“政府”原先在保釣作為一直給外界批評僅止于紙上談兵，口氣堅定但行動軟弱，現在為形勢所逼轉趨強硬，但對馬“政府”而言，真正的挑戰現在才剛開始。
馬英九先生在2008年就職之後，對外一路走“和中友日親美”戰略路線，在中、日之間為釣魚島問題節節升高衝突之際，馬英九拋出一個流于口頭表述的“東海和平倡議”，雖有一定的戰略高度，但也是權衡得失不得不然的選擇。以臺灣對日、美兩國政經關係之長期依賴，口頭保釣雖然很難展現出馬英九屢屢振臂疾呼“寸土不讓”的氣勢，但一旦升高對日衝突，不要說臺灣所希望爭取釣魚島海域的漁權難以獲得，對已經疲弱不振的臺灣經濟，恐怕又將進一步造成不確定的衝擊。
中國大陸升高對日衝突，在法理上必然要緊扣臺灣，大陸官方多次強調基于民族大義兩岸共同保釣，臺灣官方對此則反映冷淡甚至排斥，理由無它，兩岸在保釣所面臨的博奕情境迥異，臺灣在維係主權上與大陸殊途同歸，但聯手抗日的代價可能非臺灣目前可以承受。現在馬“政府”迫于形勢升高對日衝突，只是這樣一來，馬英九“政府”也將漸入保釣的“深水區”，也就是逐漸由涉外議題與中國大陸進入政治協商。
臺灣“海巡署長”王進旺在宜蘭漁船出航前一天，在“立法院內政委員會”表示，臺灣絕對不會與中國大陸聯手護漁，若遇到大陸漁船，將予以驅離，也希望日本不要幹擾。王進旺的說法頗能凸顯馬“政府”現在所面臨的困境，首先，馬“政府”雖說迫于形勢派出艦艇護漁，但也因為先有中國大陸海監船與漁政船護漁在前，臺灣才有可能亦步亦趨，現在臺灣“海巡署”艦艇既不跟大陸聯手抗日，還要驅離大陸漁船，顯然民族大義還是敵不過兩岸“主權”爭議。如果未來大陸漁船在此海域活動，同時有日本海上保安廳艦艇跟臺灣“海巡署”艦艇出現，臺灣艦艇到底是要保護大陸漁船，還是要驅趕大陸漁船？
其次，漁權的本質還是一個主權的問題，所以王進旺才會說臺灣遇到大陸漁船要予以驅離。反過來說，臺灣要跟日本爭漁權，日本也是基于維護主權因此不肯放出漁權，現在中國大陸升高對日衝突，未來兩岸漁權問題已經逐漸一體化，也跟主權問題更緊密挂勾，反而限縮臺灣跟日本進行漁權談判的空間。
臺灣在保釣作為上最大的困境，當然就是可資對抗日本的籌碼太少，所以難有戰略縱深；反觀中國大陸有雄厚的政經實力可以磨耗日本，連臺灣內部逐漸升溫的保釣風潮，也多少也受到大陸保釣勢頭的牽引。在宜蘭“百船齊發”之前，馬“政府”的保釣作為是“口頭爭主權，行動爭漁權”，宜蘭“百船齊發”演變成“政府爭主權，民間爭漁權”，爭主權與爭漁權行動上合一，保釣方向逐漸轉化，但這並沒有改變臺灣抗日籌碼太少的現實。在“百船齊發”之後，如果臺灣內部保釣繼續升溫，無疑將創造出馬“政府”往兩岸深水區移動的推力，也將改變馬“政府”策略選擇的得失權衡。
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